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番茄及辣椒都是重要的经济作物,近年来病毒病的爆发导致了番茄和辣椒产量减少和品质的降低,造成了严重的经济损失。随着各种检测手段的发展,我们可以更迅速、更便捷的鉴定病毒病的种类,并采取相关措施挽回经济损失。本研究以番茄黄花曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus, TYLCV)、番茄褪绿病毒(Tomato chlorosis virus, ToCV)及辣椒轻斑驳病毒(Pepper mild mottle virus, PMMoV)为对象,用分子检测方法完成山东、安徽两省病原的鉴定。我们选取山东、安徽两个省7个地区,针对3种病毒病进行田间调查,采集疑似样品扩增序列,对其进行同源性比对和遗传进化树等分析,进一步了解山东、安徽两省蔬菜产区3种病毒病的发生情况。主要研究结果如下：1、通过对山东省、安徽省TYLCV发生情况的调查及检测可知,目前TYLCV在山东省大部及安徽省局部已经发生扩散。构建的TYLCV系统进化树可以分为IL、IR、 Mid、Gez4组,其中本研究的4个分离物和中国所有的分离物一起聚类在IL组。对感病TYLCV样品进行卫星DNA的检测,没有获得明显目的条带。2、通过RT-PCR检测及序列分析,首次确定ToCV在安徽地区发生,且统计发现两省六个地区ToCV、TYLCV存在单独侵染及复合侵染。分别基于ToCV CP和ToCV HSP70构建系统进化树,结果发现ToCV分离物都可分为两个大组,其中本研究所得到的分离物均与中国其他地区的分离物聚类到Ⅰ组。通过计算分离物ToCV的CP与HSP70两个基因的同义突变(dS)和非同义突变(dN)的比率(dN/dS),结果显示,CP与HSP70基因均处于负向(或净化)选择的压力之下且所承受的压力不同。3、通过对山东济宁辣椒的田间调查发现,PMMoV在辣椒叶片上呈现轻微的褪绿或者斑驳症状。对山东济宁辣椒病株进行RT-PCR扩增,经鉴定,确定其病原为PMMoV,表明感病的济宁辣椒样品确系被PMMoV感染。并与日本分离物(AB062054)、广西分离物(KP877405)2个序列同源性最高均达到99.2%。基于CP构建的系统进化树发现济宁分离物与中国其他分离物聚类到Ⅰ组,与中国北京分离物(PMMoV-CN)最为相近。