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浮游植物和微生物作为水环境中的生产者和分解者,在环境监测与评价中越来越受到重视。目前尚未有针对同一地区不同功能区对水体浮游植物和微生物群落多样性的研究,本论文从东莞市工业区和生活区选取采样段,通过镜检法、高通量测序技术对水体浮游植物和微生物群落进行分析;并结合水质理化因子,分析对水质理化因子与浮游植物,微生物间的关系。本论文主要研究结果如下:1.从浮游植物的分析来看,24个采样段内鉴定出8个门,416个种属。两种功能区鉴定出的浮游植物种数相当,优势种（属）相同,均为微小平裂藻（Merismopedia tenuissima）、卧龙伪鱼腥藻（Pseudoanabaenad voronichinii）、梅尼小环藻（Cyclotella meneghiniana）和普通小球藻（Chlorella vulgaris）,但具体优势度略有不同。从Shannon-Wiener多样性指数、Simpson多样性指数、Margalef丰富度指数和Pielou均匀度指数出发,与工业区相比,生活区采样段整体浮游植物种类较丰富,群落多样性和均匀性都较高,水质较好。2.虽然在采样段鉴定出的绿藻门浮游植物种类数最多,但是蓝藻门的浮游植物与水质理化因子相关性较高。工业区采样段浮游植物密度主要受pH、CODCr和氨氮的影响;生活区采样段的浮游植物密度主要受pH、CODCr和总磷的影响。沃龙伪鱼腥藻（Pseudoanabaenad voronichinii）和伪鱼腥藻（Pseudoanabaena）与氧化还原电位值、溶解氧、浊度、氨氮、CODCr和总磷有极显著的相关性,可作为生活区采样段水质的指示物种。3.工业区采样段的微生物物种数高于生活区;变形菌门（Proteobacteria）、蓝细菌门（Cyanobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、浮霉菌门（Planctomycetes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）、厚壁菌门（Firmicutes）、Parcubacteria、绿弯菌门（Chloroflexi）和酸杆菌门（Acidobacteria）是采样段的优势菌门;两种采样区的大部分微生物都更适宜pH值较低的环境。4.工业区采样段微生物群落结构受多种因素影响,无特定规律;生活区采样段微生物群落结构受空间影响不大,主要受水质影响。5.在纲分类水平上,CandidatusMoranbacteria、CandidatusNomurabacteria、groundwatermetagenome和CandidatusPacebacteria的丰度可作为工业区采样段水质的参考。在生活区采样段Bacteroidia、Coriobacteriia、Deltaproteobacteria、Elusimicrobia、Epsilonproteobacteria、Erysipelotrichia、Lentisphaeria、Melainabacteria、Methanomicrobia、Negativicutes、Synergistia、WCHB1.41、WCHB1.32、Methanobacteria、Oligosphaeria和LD1.PB3可作为营养水质指示微生物;Sphingobacteriia可作为贫营养水质指示生物。