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藏羊被毛毛色制约着藏羊毛的经济价值，目前对于藏羊毛色调控主效基因及机理的研究尚属空白。本试验首先对毛色调控候选基因Agouti、MC1R、KIT、MITF进行多态性分析，找出与毛色相关联的基因突变，然后利用荧光定量PCR技术分析Agouti、MC1R、KIT、MITF皮肤组织mRNA相对表达量，筛选出与藏羊毛色相关的表达量差异基因，最后对差异基因表达蛋白进行蛋白印迹和免疫组化研究，旨在筛选调控藏羊毛色的基因及阐明其作用机制，为藏羊毛色的选育提供一些理论依据。试验研究结果如下：1、藏羊Agouti基因多态性研究发现35个突变位点，检测出藏羊存在Agouti基因拷贝数变异，通过关联分析得出Agouti基因外显子2g.100-104的5碱基缺失突变和Agouti基因拷贝数变异与藏羊纯白被毛和纯黑被毛不具有相关性；未在所测藏羊群体中检测到MC1R编码区突变；新发现MITF编码区g.1360T﹥C和KIT编码区g.2340C﹥G突变，经检测KIT g.2340C﹥G在纯黑被毛和纯白被毛群体中处于哈迪温伯格平衡（H-W平衡），MITF g.1360T﹥C在纯黑被毛和纯白被毛群体中处于H-W不平衡。表明藏羊毛色候选基因Agout、MC1R、KIT可能不存在与毛色相关联的功能突变，MITF g.1360T﹥C位点受到的选择压力大，等位基因C更有利于产生纯白毛色。2、Agouti和KIT基因的mRNA相对表达量在纯白被毛和纯黑被毛皮肤组织中差异不显著，杂色个体中白色和黑斑被毛中差异不显著；MC1R基因的mRNA相对表达量在纯白被毛皮肤组织中显著高于纯黑被毛，杂色个体中白色被毛显著高于黑斑被毛；MITF基因的mRNA相对表达量在纯黑被毛皮肤组织中极显著高于纯白被毛，杂色个体中黑斑被毛极显著高于白色被毛。Agouti与MITF基因mRNA相对表达量在同一个体同一毛色皮肤组织中无显著相关性。半定量分析得到MC1R基因和MITF的M亚型只在皮肤组织中特异表达。说明MITF基因mRNA高表达可能有利于藏羊黑色被毛形成，MC1R基因mRNA表达量高与白色被毛相关。3、杂色个体皮肤组织中白色和黑斑被毛c-kit蛋白的表达量基本相当，MITF蛋白表达量黑斑被毛明显高于白色被毛；c-kit在纯白被毛和纯黑被毛皮肤组织中的表达量基本相当，MITF在纯黑被毛皮肤组织的表达量明显高于纯白被毛。MITF阳性表达主要在表皮、毛囊毛乳头、毛球部和毛囊外根鞘部检出，黑色皮肤组织中MITF阳性着色深于白色被毛。推测藏羊黑色毛形成与毛囊毛乳头、毛球部MITF高表达有关，MITF在藏羊毛色的形成过程中起着重要作用。