脊尾白虾（Exopalaemon carinicauda）主要分布于黄渤海浅海低盐水域,为广温、广盐、广布种,具有生长速度快、适应能力强等优点,近年来在滨海型盐碱水域养殖初获成功。脊尾白虾在繁殖季可连续多次抱卵繁殖,是研究甲壳动物生殖发育的潜在模式生物。当前通过人工控制技术仍无法实现脊尾白虾全年繁殖,因此深入了解脊尾白虾卵巢发育机制对于脊尾白虾良种选育及提高其池塘养殖经济效益十分必要。研究发现,雌激素相关受体（Estrogen-related receptor,ERR）可能参与调控甲壳动物的卵巢发育,但其调控机制尚不清楚。因此,本研究克隆了脊尾白虾ERR,通过敲降ERR基因的表达,进行比较转录组测序分析,初步探究其在卵巢发育过程中的作用机制,为深入研究其调控卵巢发育机制提供基础资料。研究表明,盐碱胁迫会影响脊尾白虾的卵巢发育,但其分子响应机制仍不明确。本研究通过对盐碱胁迫下脊尾白虾卵巢组织进行比较转录组分析,初步研究其在盐碱胁迫下的响应机制。主要结果如下:1、脊尾白虾EcERR基因的克隆与氨基酸序列分析本研究采用RACE方法获得脊尾白虾ERR c DNA全长为2025 bp,碱基序列中5’非编码区和3’非编码区分别有241 bp和410 bp,EcERR的开放阅读框为1374 bp,且该基因编码的蛋白质由457个氨基酸组成,并预测分子量和等电点分别为50.83 kD和7.84。EcERR包含1个DNA结合域（ZnF＿C4锌指结构域）、1个配体结合结构域及1个低组分复杂区域。预测EcERR氨基酸亲水性的平均值为-0.331,在配体结合区,可以看到明显的9个疏水区域。对脊尾白虾EcERR编码的氨基酸序列进行同源性比对,结果显示,其与罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）同源性最高达到98.47%。对脊尾白虾EcERR编码的氨基酸序列进行系统进化分析,结果显示,脊尾白虾EcERR氨基酸与同为长臂虾科的罗氏沼虾的亲缘关系最近,其与甲壳动物聚为一枝,然后与昆虫类聚为一大枝。2、脊尾白虾EcERR基因功能的初步研究初步探讨了脊尾白虾EcERR基因的组织分布及其在卵巢发育各时期的表达情况。结果显示,EcERR在各组织中均有表达,其中,在卵巢中相对表达量最高。EcERR基因的表达量随卵巢成熟而降低（早期较高,III期最低）,在卵巢发育III期之后逐渐开始回升,说明EcERR参与了脊尾白虾的卵巢发育,推测其在卵巢发育早期发挥关键的调控作用。有研究发现5-HT能够有效的促进卵巢发育,本研究通过5-HT浸泡脊尾白虾后发现,实验组脊尾白虾卵巢中卵黄蛋白原（Vitellogenin,Vg）基因的表达量是空白组的15.15倍。实验组脊尾白虾卵巢中EcERR基因的表达量是空白对照组的4.48倍。说明5-羟色胺对脊尾白虾卵巢发育有一定的促进作用,EcERR参与脊尾白虾的卵巢发育的过程,但其调控机理有待进一步的研究。3、敲降ERR基因后对卵巢进行转录组测序干扰ERR基因的表达后,在GFP vs ERR组的差异基因中,筛选8个差异表达基因,其中,参与雌激素信号通路的组织蛋白酶D（CTSD）和热休克蛋白90（HSP90）下调表达,有研究发现CTSD和HSP90参与卵黄蛋白原基因的调控,推测EcERR基因可能参与卵黄蛋白原基因的调控,进而影响卵母细胞的生长和成熟。参与cAMP信号通路的腺苷酸环化酶（AC）和钙调蛋白（Ca M）表达量显著上调。cAMP的上游基因AC能够促进cAMP的合成,使细胞内c AMP水平处于高浓度,抑制卵母细胞的减数分裂。推测EcERR参与了脊尾白虾卵巢发育的调控,可能是通过调控卵母细胞的减数分裂和卵黄蛋白原,进而影响脊尾白虾卵巢的发育。4、盐碱胁迫下脊尾白虾卵巢的转录组测序分析在转录组测序后,6个文库中共产生41162692-64591170个Raw Reads,共获得41024540-64383978个Clean Reads。在所有的文库里,Q20都大于98,Q30都大于93,约18.5GB大小的clean reads。Clean Reads通过Trinity软件组装后,得到123732条unigenes。Unigenes的N50和平均长度分别为1337bp和748.31bp。统计组装出来的unigenes长度分布,发现有80890条在200bp-500bp之间,占总数的65%,数量最多;大于2000bp只有9633条,只占总数的8%。在KB vs SC＿2组的差异基因中,筛选8个进行验证,发现表达趋势与RNA-seq趋势一致,说明测序结果可靠性较高。差异基因Mth1和VMO-1表达量下调,推测盐碱胁迫后,卵黄外层膜的形成会受到影响,进而可能会影响卵细胞的质量。