基因转录调控是生物学研究的重要内容，实质是转录因子与其在基因组序列中对应的短的DNA序列（转录因子结合位点）结合，调控靶基因的表达。基因转录时，一些转录因子与启动子中特定的序列片段（结合位点）发生相互作用，从而开启基因的转录并对转录过程进行调控。转录因子的结合位点具有特异性，并且非随机地出现和分布在基因的启动子序列上，准确识别出这些结合位点有助于对基因转录调控规律的认识。当两个或多个因子进行调控时，它们之间往往会有相互作用，同样这种组合调控关系也应该存在于与这些转录因子对应的转录因子结合位点上。因此转录因子及其结合位点是研究基因转录调控的两个关键因素。　　 本文基于对数线性模型的方法，预测酵母RP基因上游序列潜在的转录因子结合位点，并对这些调控模体之间可能存在的组合调控关系进行了分析。第一，通过对数线性模型方法抽提出样本中潜在的转录因子结合位点，转录因子结合位点与实验已证实的转录因子结合位点匹配率约87％。第二，同样运用对数线性模型抽提出组合调控模体对。第三，分析抽提的转录因子结合位点的分布，通过分析转录因子结合位点与TSS位点的距离分布，我们发现大部分的转录因子结合位点分布在距TSS200bp-500bp的范围；在此基础上分析交互效应与相关系数的关系，得出两者存在正相关的关系，可以从某种程度上利用交互效应的大小判断模体M是不是某类基因特有的结合位点的可能性大小，或者模体Mi与模体Mj相关程度高低。　　 以往对于转录因子结合位点及组合调控的预测是基于位点出现的次数，而本文是基于位点在整个样本序列里出现的基因条数，并且还发现交互效应与相关系数两者存在正相关的关系，为转录因子结合位点及组合调控的判断提供了一个新的方法。