伴13号染色体缺失的多发性骨髓瘤患者CD138~+细胞差异表达microRNAs的筛选

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目的①研究多发性骨髓瘤(MM)常见的染色体异常及其与疗效的关系。②筛选13号染色体缺失阳性与阴性的MM患者骨髓瘤细胞中差异表达的miRNAs,寻找与MM13号染色体缺失相关的分子标记。③预测差异表达niRNAs的潜在靶基因及靶基因富集的生物学通路,进一步探讨miRNAs在伴13号染色体缺失的MM中的作用机制。方法①收集标本:实验组选取多发性骨髓瘤初治患者29例(男:女=20:9),中位年龄60(46-83)岁。采集患者新鲜骨髓标本,密度梯度离心法分离单个核细胞,免疫磁珠法分选CD138+细胞。对照组选取健康对照10例。②FISH实验:选用P53、RB1、D13S319、IgH和1q215种探针,通过荧光原位杂交(FISH)实验对29例多发性骨髓瘤初治患者进行染色体异常检测。③疗效分析:对接受化疗的患者随访2个疗程,疗效判定参考欧洲血液和骨髓移植协作组EBMT疗效标准,以患者达到轻微反应(MR)以上为治疗有效,分析患者染色体异常与疗效之间的关系。④miRNA表达谱芯片实验及RT-PCR验证:筛选出3例RBI及D13S319探针信号阳性,而IgH. p53和1q21探针信号阴性的患者定为13q-阳性实验组;另选出3例5种探针信号均为阴性的患者作为13q-阴性对照组;提取总RNA并进行质量鉴定;使用mirVanaTM RNA分离试剂盒分离并富集miRNAs; Cy3荧光基团标记miRNAs; RNeasy Mini试剂盒对标记的miRNAs进行纯化;与miRNA表达谱芯片进行芯片杂交;芯片扫描仪扫描,并进行数据分析获得差异表达miRNAs;采用茎环RT-PCR对miRNA芯片结果进行实时定量PCR验证。⑤生物信息学分析:应用对芯片数据进行聚类分析;应用在线软件预测差异miRNAs勺潜在靶基因;对预测的靶基因进行GO及KEGG分析;整合miRNAs与预测靶基因之间的调控,利用HPRD数据库建立miRNAs与靶基因的调控网络。结果1.FISH实验①29例MM患者中RB1缺失、D13S319缺失、IgH易位、1q21扩增、p53缺失的患者分别占48.3%、44.8%、48.3%、24.1%、10.3%;5种探针均为阳性的患者1例(3.4%);5种探针均为阴性的患者3例(10.3%);13q-的患者(RB1或D13S319深针阳性)的患者15例(51.7%);存在13q-的患者中有8例(27.6%)伴有IgH易位。②疗效分析:23例完整随访2个疗程的患者中,有15例达到了MR以上的疗效,总反应率为65.2%;其中应用含硼替佐米的联合化疗方案的反应率为83.3%(5/6),应用地塞米松为主的化疗方案的反应率为58.8%(10/17),两者比较差异无显著性;存在13q缺失、IgH易位的患者总治疗反应率分别为57.1%(8/14),58.3%(7/12),与其相应阴性组比较差异无显著性;应用硼替佐米的6例患者中,13q-阳性组反应率为100%(3/3),13q-阴性组反应率为66.7%(2/3),IgH易位阳性组反应率为100%(2/2),无效组反应率为75%(3/4),13q-、IgH易位阳性组与阴性组间差异无显著性。2. miRNA表达谱芯片实验:筛选出3例RB1及D13S319探针信号阳性,而IgH、p53和1q21探针信号阴性的患者定为阳性实验组;另选出3例5种探针信号均为阴性的患者作为阴性对照组,进行miRNA芯片检测。共检测出5个差异表达miRNAs,其中其中4个表达下调,1个表达上调。聚类分析显示,5个差异表达的miRNAs可以将实验组与对照组区分开。荧光定量RT-PCR验证示5种miRNAs表达情况与芯片结果一致。4.靶基因预测及调控网络:5种miRNAs预测的靶基因数目最多者为miR-424,最少者为miR-3679-5p;通过生物信息学分析构建了1niRNAs-靶基因调控网络,并得到一系列在网络中处于关键节点的靶基因,其中SMAD3节点度最高,提示该基因可能在该调控网络中具有较高生物学意义。结论免疫磁珠分选+FISH技术是一种检测多发性骨髓瘤染色体异常的敏感方法。由于样本量较少,本研究未发现染色体异常与疗效之间的相关性。伴13号染色体缺失的MM患者骨髓瘤细胞中存在差异表达的niRNAs,提示miRNAs可能参与了该异常核型MM的发生发展。miR-424所预测的靶基因SMAD3及其参与的TGF-β/Smad3信号通路可能是差异表达的miRNAs调控的关键靶基因及信号通路,该结论尚需进一步验证。
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