公海保护区近年逐渐成为海洋法的热议话题。作为保护公海生物资源及多样性的管理工具,公海保护区主要针对特定的公海领域的生物资源进行养护和管理。而作为公海制度中最重要的一个原则——公海自由原则特别是公海捕鱼自由不可避免地就会与公海保护区中的一些内容相冲突。本论文旨在通过对公海保护区与公海捕鱼自由的冲突和矛盾进行理论上的原因解析,并提出解决相应的措施,为我国将来参与公海保护区的建立及应对两者间的冲突矛盾提出相应的法律建议。本文通过查阅翻译多篇中英文文献,利用比较研究、实证分析、系统分析、归纳法等研究方法对公海保护区与公海捕鱼自由间的冲突问题进行深入分析,探寻冲突根由,提出协调解决办法。本文主要内容包括五章。第一章从有关的基本理论和基本概念入手,明确公海保护区的概念界定等基本问题,需要注意的是本文对公海保护区的界定范围是排除了国际海底区域的,只涉及讨论公海水体部分,这一界定作为之后讨论其他问题的基础。同时从国际法的角度介绍公海捕鱼自由这一公海制度,并且从整体上介绍了公海捕鱼自由地位的变化,为公海保护区与捕鱼自由的冲突的法律分析提供铺垫。第二章主要从四个方面针对公海保护区与捕鱼自由间产生冲突的原因进行梳理分析。第三章将主要基于国际公约、协定、典型的区域性公约和国际软法角度分析公海保护区的建立与捕鱼自由方面的冲突,一方面可以总结出公海保护区建立的国际法依据,另一方面总结了法律上对公海捕鱼活动所做的规制。两方面内容相结合从而系统地归纳出公海保护区与捕鱼自由间的法律冲突表现。第四章主要论述了从国际法原则上和具体的协调途径两方面对公海保护区和公海捕鱼自由间的冲突进行协调处理。第五章将落脚于我国,主要归纳总结了我国目前对于捕鱼活动的一些法律规制,以及在公海保护区这一发展趋势下,对我国可以采取的三点具体措施的建议。