借助于迅猛发展的数据网络技术,侵犯商业秘密的行为渐趋多样化、复杂化、隐蔽化,保护商业秘密的难度也随之加大。降低了侵犯商业秘密罪的入罪门槛、提高了刑罚的处罚力度、由结果犯变为情节犯并进一步完善了侵犯手段等变化是《刑法修正案（十一）》对司法实践中已有问题的回应,也是为了保证“前置法定性与刑事法定量相统一”。立法的生命在于应用,本文基于对商业秘密保护的刑法规定这一出发点,提出了侵犯商业秘密罪在司法认定中出现的问题并进行进一步分析,同时也提出了相应的司法认定路径完善建议。文章第一部分提出了侵犯商业秘密罪目前在司法认定中存在的问题。通过对近三年相关案件的判决书进行整理,归纳出此罪的争议焦点是涉案信息是否能被认定为商业秘密、侵犯商业秘密行为类型的判断以及损失数额的认定上。通过对侵犯商业秘密罪司法实践情况的进一步考察,提出本罪目前在司法认定中存在的问题:一是侵犯商业秘密的认定,包括商业秘密的认定以及犯罪行为的认定;二是重大损失在司法认定中的困境;三是情节严重在司法认定中的有关争议问题。文章第二部分是对前文所提出的司法认定问题进行进一步的分析。通过新旧法条的对比发现本罪在构成要件上的改变,并就犯罪行为认定中的单纯获取商业秘密、意外获取商业秘密后披露的行为进行定性。针对侵犯商业秘密的认定问题,提出了商业秘密的构成要件,并就反向工程与侵犯商业秘密之间的冲突、竞业禁止协议带来的权利冲突进行分析;针对重大损失的认定问题,最新的司法解释对于损失数额的认定提出了计算方法但并不全面,认定方法也尚未统一,且存在着过度借鉴民事领域损失认定标准的弊端;此罪由结果犯变为了情节犯,针对情节严重的设立,仍存在着正当性争议,且关于情节严重的认定标准尚未明确。文章第三部分是对前述的侵犯商业秘密罪的司法认定问题提出认定路径完善。通过合理限制竞业禁止协议的范围,平衡商业秘密的保护要求与人员自由流动的社会需求;规定反向工程的合法性要件,以防行为人钻法律漏洞;区分刑事领域与民事领域不同的认定重大损失数额的标准,在相关司法解释的基础上进一步细分认定标准;针对情节严重判断标准模糊的问题,提出保留重大损失作为情形之一,并结合行为类型、法益侵害程度等综合考量,针对不同的行为类型可设置不同的判断标准。