【摘 要】
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泡桐(Paulownia)隶属于玄参科(Paulowniaceae)泡桐属(Paulownia Sieb.et Zucc),它是落叶乔木。泡桐属下现有9个种,它是我国重要的速生用材和庭院绿化树种。目前关于泡桐的研究大多集中在抗性研究、病害研究等方面,而遗传学方面的研究却相对较少,更没有泡桐遗传连锁图谱的相关报道。本实验基于RAD-seq(Restriction-site associated DN
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泡桐(Paulownia)隶属于玄参科(Paulowniaceae)泡桐属(Paulownia Sieb.et Zucc),它是落叶乔木。泡桐属下现有9个种,它是我国重要的速生用材和庭院绿化树种。目前关于泡桐的研究大多集中在抗性研究、病害研究等方面,而遗传学方面的研究却相对较少,更没有泡桐遗传连锁图谱的相关报道。本实验基于RAD-seq(Restriction-site associated DNA sequencing)技术,获得了丰富的SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)标记,从而利用其构建了泡桐的高密度高精度遗传连锁图谱,这将为泡桐比较基因组学研究、数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)定位、抗病性状相关遗传机制解释、分子标记辅助选育(MAS,marker-assisted selection)等方向的研究奠定基础;同时也为进一步从分子水平上探究泡桐属植物生长、发育、遗传系统进化等生物学问题提供重要基础数据。研究结果归纳如下:(1)本研究采用限制性内切酶技术对185个样品的基因组进行切割获得RADtags,建库后对其进行上机测序,得到的RADtag raw data有219.14G,经过质量控制过滤后得201.343 Gclean data(约2319.56 M reads)。(2)以白花泡桐和毛泡桐作为亲本,以其产生的181个子代个体和4个亲本进行RAD测序建库,选取Eco RI和Sbf I限制性内切酶对185个样品的基因组进行酶切,然后再构建RAD文库进行简化基因组的高通量测序,从而挑选出数量众多的SNP标记。本研究总共挑选出了5015个高质量的可以用于作图的多态SNP位点。(3)在个体SNP检测和分型中,我们在对亲本白花泡桐基因组高通量测序后,在P1_B2_RA中开发出117277个SNP,其中纯合SNP有54036个;在BF1A中开发出273173个SNP,其中纯合SNP有85011个。对亲本毛泡桐基因组高通量测序后,在P2_M2_RA中开发出126974个SNP,其中纯合SNP有101262个;BM2A中开发出195414个SNP,其中纯合SNP有65688个。(4)利用RAD测序技术最终构建了一张含20个连锁群的泡桐F2群体高密度遗传连锁图谱。该图谱的总图距为2013.982c M,标记间平均图距为0.57 c M;各个连锁群的大小从67.885 c M(LG19)到133.809c M(LG3)不等,平均每个连锁群的大小为100.7c M;标记间最大的间距为17.4c M(LG18),最小的间距为0.1 c M;各个连锁群标记间的平均距离的变化范围为:0.4c M–1.55c M;LG1的标记密度是最高的,它含有285个标记。遗传图谱为进一步解析泡桐生物学特性奠定了基础。(5)采用Postlethwait等人提出的方法计算得到的泡桐F2群体遗传连锁图谱预期长度(Ge1)为2015.14c M;根据Chakravarti等人提出的方法计算得到的泡桐遗传连锁图谱预期长度(Ge2)为2074.207c M;根据两种方法得出的结果经计算后最终得到的泡桐遗传连锁图谱预期长度(Ge)为2044.6735c M,本研究得到的遗传图谱的实际长度为2013.982c M;图谱覆盖度为98.5%。
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