城市轨道交通的建设和发展有利于带动城市发展,提高公共交通出行效率,但同时也存在建设投资大、回报周期长、政府财政压力巨大的特点,为此,采用政府与社会资本合作（即PPP）新型融资模式可有效降低政府财政负担。但在政企合作关系的处理上仍存在诸多问题。根据文献研阅,国内外学者对基础设施建设PPP模式中政企合作关系的建立进行了很多研究,包括PPP模式中政企监管关系、投融资关系、控制权配置、契约有效性等方面,但是城市轨道交通相比较传统基础设施,具有独特的市场特性,而目前对政企建立长期契约关系、项目实施中政企互信关系、项目投资与回报中政企互利关系以及城市轨道交通特有的土地溢价回收的共赢关系未有研究成果,而这些多维度政企关系的相辅相成、平等融洽才是城市轨道交通PPP模式实施成功的关键所在。本文以深圳地铁4号线为例,分析了深圳轨道交通PPP模式发展中政企关系存在的问题,主要体现在以下四个方面:第一,政企合作协议难以达成,法律关系上存在不清晰,无再谈判机制问题。第二,政企信任受到影响,项目因前期对城市发展的外部环境论证不足,合同履行出现较大偏离,对政企之间的信任造成较大影响。第三,普惠性与盈利性存在矛盾,轨道交通票价无法根据投入成本市场化定价,而企业为保障轨道交通安全运营必将投入巨额成本,在深圳地铁4号线PPP协议中并无可靠保障,导致企业利益受损。第四,营运模式遭遇政策瓶颈,项目前期规划的“轨道+物业”的发展模式受到政策约束,使企业无法通过轨道交通正外部性带来的土地溢价反哺运营亏损,制约了轨道交通企业市场化运营的可行性,不利于新型政企关系的建立。针对以上问题,本文以外部性和委托代理理论为基础,采用文献研究法、访谈法,借鉴行业内优秀经验,提出优化改善政企关系的对策与建议,主要包括:第一,完善法律和制度体系,构建平等合作的政企关系;第二,完善物有所值评价,保障政企构建互信的合作基石;第三,建立可行性缺口补贴机制,保障企业利益,保持政企合作长期稳定;第四,推动“轨道+物业”综合开发,构建自由和清晰的政企关系。以上新型政企关系的建立将有力推动城市轨道交通PPP模式健康可持续发展。