切实保护耕地是我国实现粮食安全的重要途径。虽然我国实行了一系列最为严格的耕地保护制度,但由于忽视了对现行耕地保护主体的利益激励,导致耕地减少,耕地保护制度没有得到预期的效果。非粮食主产区享受了粮食主产区提供的粮食安全服务和耕地保护外部性的功能服务,却未能对享有的服务支付相应的补偿,使得粮食主产区实施粮食生产和保护的机会成本增加,导致粮食主产区与非粮食主产区间的区域经济发展水平差距愈来愈大,耕地保护与经济发展的矛盾越来越突出。重庆市作为我国的非粮食主产区,其耕地压力更加严峻。基于此,本文选取重庆市为研究非粮食主产区耕地保护利益补偿机制的研究区域。本文在借鉴国内外相关耕地保护补偿文献研究成果的基础上,根据粮食安全理论、耕地保护外部性理论、耕地保护准公共物品理论和公共政策损益理论等理论基础,结合重庆市耕地保护补偿现状和地票制度,在借鉴国内成都市、佛山市等耕地保护补偿实践,构建了省际、县际两层面非粮食主产区耕地保护利益补偿机制的运行机制和关键要素,其关键要素包括补偿给付主体、受偿主体、补偿资金来源、使用和监督、补偿方式和标准等,并以重庆市为研究对象进行了实证分析。最后根据研究结论提出相关政策建议。研究结果表明:(1)提出非粮食主产区耕地保护利益补偿机制。非粮食主产区耕地保护利益补偿机制主要包括利益分配机制、风险共担机制、竞争谈判机制、信任契约机制、沟通协调机制、监督激励机制等,在此基础上确定了非粮食主产区耕地保护利益补偿机制的关键要素,主要包括补偿给付主体、受偿主体、补偿资金来源、使用与管理和监督、补偿方式、补偿标准等。(2)确定了重庆市实施非粮食主产区耕地保护利益补偿的省际受偿对象和市内县际层面的补偿给付对象和受偿对象。其中,省际受偿主体是内蒙古、辽宁、吉林、黑龙江、安徽、江西、山东、河南、湖南、宁夏、新疆等。重庆市县级层面的补偿给付主体是万州、大渡口、江北、九龙坡、沙坪坝、南岸、北碚、綦江、渝北、荣昌、璧山、开县、云阳、巫山等;受偿主体是大足、黔江、江津、合川、永川、南川、铜梁、梁平、石柱、秀山、酉阳、彭水等。(3)基于综合方法测算出全国2012年耕地保护补偿标准为102.32万元/hm2,重庆市耕地保护补偿标准为182.47万元/hm2。(4)基于CVM评估方法测算出2012年重庆市城乡居民耕地保护支付意愿值为45456.63万元。