随着中国经济由高速增长阶段转向高质量发展阶段,创新成为促进区域经济发展的主要动力。改革开放40年来的经验表明,市场化对于解决资源配置低效和解决体制机制僵化问题具有重要作用。在此背景下探究不同地区市场化程度对创新效率影响的差异,对提升区域创新能力和核心竞争力具有重要的现实意义。本文首先对相关文献进行了梳理,然后在创新理论和市场化改革理论的基础上,选取了政府与市场的关系、非国有经济的发展、产品市场化、要素市场化、市场中介组织发育和法治环境改善这五个市场化程度指标来阐述市场化程度对创新效率的影响机理,并提出了市场化程度的提高有利于区域创新效率提高的研究假设。然后选取了全国30个省份(除西藏)2008-2016年的创新投入产出数据来测算区域创新效率,为了保证市场化程度对区域创新效率影响结果的可靠性,选用三阶段DEA方法剔除了其他环境变量的影响,然后建立了Tobit固定效应面板回归模型实证检验这五个市场化程度指标对区域创新效率的影响,对东中西部地区的结果进行对比分析并提出相应的政策建议。本文主要结论为:(1)市场化水平和创新效率皆呈现出东中西部阶梯式下降分布。从全国范围来看,我国区域市场化程度的提高对区域创新效率是有正向促进作用的。(2)政府干预减少对东中西部创新效率的提高均有促进作用,对东部地区创新效率的提高最有利。(3)非国有经济的发展能促进中西部创新效率的提高,但不能促进东部创新效率的提高。说明东部存在企业过度竞争等现象。(4)中西部较低的要素市场化水平不能促进创新效率的提高,东部较高的要素市场化水平在一定程度能促进创新效率提高。说明我国中西部较低的要素市场化水平亟须得到改善。(5)产品市场化水平提高、市场中介发育和法治环境改善对东中西部创新效率的提高均有促进作用。因此,应减少政府行政性干预,更大程度发挥市场作用;促进中西部地区非国有经济的发展,加快东部地区产业转移;深化要素市场化改革;健全市场法律体系,完善法治建设,为我国各地区创新活动营造良好的市场条件,促进创新效率的提高。