我国的政府组织问题一直都是社会各界关注的大事，在经历了多次机构改革之后，再次审视目前我国政府组织的状况，发现还是面临着很多问题和困境：机构臃肿、设置重叠、职能交叉、人浮于事、效率低下。带着对这些问题的思考，本文从结构功能主义的理论视角出发，提出了对政府组织协同性进行研究。 结构功能主义理论是当代西方政治学中普遍采用的一种研究方法，可以解释社会体系中的各种规范，政府组织是整个社会大系统下的一个子系统，自然在其研究范围之内。本文先对结构功能主义理论进行了简要的介绍，然后运用该理论，分别对政府组织的机构设置和运行机制两个方面进行了协同性分析。在此分析中，首先，从横向和纵向两条线路切入，论述了机构设置的现状，并对其进行了协同性分析；其次，也是从纵横两个方面着手，对运行机制的现状和协同性予以了分析。就分析的结果，分别在两个部分的最后提出了理想中的机构设置和运行机制的理论假设。例如，在机构设置方面可以采用大部合并、协调机构不单设办事机构等方法提高政府组织的协同性；而运行机制上可从行政决策、行政执行、行政监督等方面进行改善，提高政府组织的协同性程度。