本文利用2005-2007年72724家中国规模以上制造业企业数据，研究了不同所有制类型对企业创新投入、创新产出和创新效率的影响，并进一步分析了行业异质性、区域市场化程度对不同所有制企业的创新绩效的调节作用。实证发现表明:(1)与其他所有制企业相比，国有企业的创新投入更多，创新产出能力更强，但是创新效率不如民营企业;(2)来自行业和区域异质性的调节作用的实证结果表明:行业集中度会促进企业的创新投入，但是国有产权弱化了这种促进作用;行业技术机会对企业的创新投入和创新产出均有正向作用，但对创新效率的提高有负向作用;行业进入壁垒不利于企业的创新投入和创新产出，但是对国有企业的创新效率有促进作用;行业内港澳台资本渗透度对企业的创新投入、创新产出和创新效率均产生负效应;行业内外国资本渗透度可以促进企业的创新投入、创新产出和创新效率的提高;市场化程度越高，国有企业和民营企业的创新能力更强。实证结果对于研究中国目前企业创新绩效的提高，尤其是在企业所有制结构转型、行业准入方面以及行业引进外商资本方面提供了十分重要的参考价值。