农民专业合作社是建立在家庭联产责任承包制的基础之上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。中国目前的农民专业合作社仍处在起步阶段，许多治理问题随着合作社的发展逐渐显现。2007年7月《中华人民共和国农民专业合作社法》颁布以来，一系列配套的法律法规和相关扶持政策的出台也在逐渐改善合作社发展的外部条件，因此，完善农民专业合作社内部的治理机制是促进合作社健康、稳定发展的重要内容。
　　就整体而言，中国的农民专业合作社的发展水平普遍较低，还存在着规模较小、治理不规范等问题，深层原因是因为还没有找到符合中国农村实际情况的发展模式。农民专业合作社发展的核心是治理机制，但是农村经济、文化等环境复杂，如何选择合适的治理结构就成为了一个难题。
　　本论文由五章构成。第一章为导论，介绍了问题的研究背景和研究意义，国内外对于治理机制的研究现状，明确问题的研究思路和研究方法，对农民专业合作社的相关概念进行了界定，并且阐述了三个合作社治理机制相关的基础理论:交易成本理论、委托——代理理论和内部人控制理论，最后设定了主要的研究重点是组织内部治理机制。第二章分析了中国农民专业合作社的发展环境和发展过程，农民专业合作社现行的治理结构和治理机制。第三章分析了虞盛农产品专业合作社所存在治理机制方面的问题，分别从决策机制、激励机制、监督机制和外部治理机制四个方面进行分析，在决策机制方面的问题主要有三点:一是理事会结构不完善，二是章程内容格式化，三是民主决策形同虚设;在激励机制方面的主要有两点:一是现有激励机制单一，二是激励机制吸引力不足;监督机制的问题有两点:一是哪部监督机制缺失，一是监督者身份缺乏约束:最后的外部治理机制面对的主要问题在于政策环境和金融支持不足。造成这些问题的原因主要有三个:首先是参与合作社的农民本身缺少合作意识，其次是合作社社员具有异质性，最后是政策空转现象普遍存在于基层。第四章针对调研合作社出现的问题提出相对应的改善建议，在决策机制方面，一是要完善理事会结构，二是要完善社员大会制度;激励机制方面，一是要注重精神激励和物质激励的双重方式，二是要增强吸引人才的措施;在监督机制方面，一是要完善监事会制度，二是要唤醒社员大会的监督作用;对于外部治理机制改进的方面，主要应该放在法律法规的完善、相关政策的扶持和建设适宜的社会环境。