在新的历史时期，高等教育改革是推进教育创新的重要内容。高等院校内部管理体制和运行机制改革是高等教育改革的关键所在。就我国的高等教育而言，正处于重要的转型期，适合社会主义市场经济体制的高等教育体系正在形成中；就我国政治、经济形势而言，在完善社会主义市场经济体制进程中，农业、农村、农民问题是全党工作的重中之重，是我国政府各项工作的重中之重。要解决“三农”问题，必须依靠科技、依靠教育，特别要依靠高等农业教育。为了更好地发挥高等农业院校在解决“三农”问题中的先导性作用，高等农业院校应该主动适应新形势，进一步深化内部管理体制改革，建立更有效的运行机制，提高自身综合实力，以适应国际国内经济、社会发展的需要。 本研究着眼于高等农业院校内部管理体制和运行机制创新研究。主要分析了高等院校进行内部管理体制和运行机制改革的背景，比较了国内外几种有代表性的内部管理体制，总结了高等院校内部管理体制和运行机制改革的经验和不足。结合当前我国农业和高等农业院校的发展实际，对高等农业院校内部管理体制与运行机制的发展趋势进行探析，提出了构建符合新时期要求的高等农业院校内部管理体制与运行机制的基本原则和主要内容。 本文提出了高等院校内部管理权力“三棱型”权力结构模式、“梭型”权力分配模式、“立体网状型”内部管理系统模式。提出了高等院校内部管理体制和运行机制创新的一般原则，包括方向性原则、科学性原则、发展性原则、整体与局部相协调原则、集权与分权相结合的原则。结合高等农业院校实际，从领导体制、管理层次、权力分配、管理机构与职能等方面提出了内部管理体制和运行机制创新的主要内容。