本研究使用全基因组关联分析(GWAS)技术对嵊县花猪(SXHZ)、金华猪(JHZ)和淳安花猪(CAHZ)繁殖性状关联性强的SNP位点进行定位，寻找可能影响这些性状的基因。样本含量为嵊县花猪114头、金华猪185头和淳安花猪31头，采血制成干血斑样本，提取DNA将质检合格的样品用Illumina平台的GGP Porcine50K SNP芯片作基因型判定。繁殖性状为产仔数(LS)、产活仔数(LSA)、产公仔数(NM)、产母仔数(NF)、出生窝重(BW)和仔猪平均日增重(ADG)等，繁殖性状数据由各猪场提供。对SNP标记和样本进行质控，筛出合适数据作GWAS分析，定位出显著位点，在Ensembl和NCBI上寻找候选基因。结果表明，SXHZ独立GWAS分析有160个SNPs呈FDR校正显著;JHZ独立GWAS分析有124个SNPs呈FDR校正显著;经过META分析得到337个SNPs呈FDR校正显著，16个SNPs呈Bonferroni校正染色体水平显著;CAHZ的独立GWAS分析由于样本量小的原因，初步的分析结果可靠性不高;。初步筛选出候选基因为:SEMA4D、EYA4、ZC3H12D、BANP、DIP2B和TUSC3;SPINK14、SPINK14、GRIP1和PPP3CA;PACSIN2,ATP8A2,ZNF32,CTNNA2,AT1为进一步筛选繁殖性状的主效基因提供基础和参考。