“三牧”问题和“城乡统筹发展”，是既相互独立、又相互联系的两大研究主题。本研究，抓住内蒙古“三牧”问题这一事关建设社会主义新牧区和全面建设小康社会的关键性研究命题，以二元结构理论、城乡一体化理论、生态经济协调发展论、农业生态经济基础论、可持续发展论等为理论支撑，在收集丰富数据资料的基础上，运用实证分析与规范分析、定性分析与定量分析、一般分析与个别分析、动态分析与静态分析等方法进行研究，从而提出基于城乡统筹发展的内蒙古“三牧”问题研究的理论框架。 本文，以生态经济新思维、“城乡统筹”新视角，把握“三牧”问题与城乡统筹发展的内在联系，在对城乡统筹发展、“三牧”问题进行学术跟踪的基础上，研究现阶段我区面临的“三牧”问题；并从浅层(草原生态系统的脆弱性与牧区经济系统的脆弱性)和深层(制度因素)方面，对问题进行成因解析，揭示“三牧”问题的本质根源在于：城乡脱节、城乡对立，即长期以来城乡发展的不和谐、不统筹；阐明城乡统筹发展的内涵，指出内蒙古“三牧”问题的根本出路就在于：城乡互动、城乡协调、统筹发展，进而，从打破城乡分割的二元经济体制约束和城乡统筹发展综合性对策两大方面，提出了化解内蒙古“三牧”问题的主要途径。具体来讲，首先必须从体制上着手，全面消除那些导致二元结构产生和存在的相关制度，如城乡分割的公共品供给制度、户籍制度、社会保障制度等，进行体制创新，这是解决“三牧”问题的根本所在；其次，还要调整牧区产业结构，健全草原生态补偿机制，实施科教兴牧战略，加大对畜牧业的投入，加强牧区经济组织的创新，推进依法治牧的进程。