中华鳖,又名甲鱼,是一种营养成分极其丰富,药用价值极高的水产品。随着健康饮食理念的深入,人们在追求水产品营养价值的基础上,也开始更多的关注水产品安全问题,绿色健康的养殖模式也是中华鳖养殖必然的发展方向。本试验主要通过在崇明绿色养殖基地构建稻田周围养殖中华鳖模式,实现稻鳖共养。以普通稻田和鱼塘作为对照,主要应用PCR-DGGE技术的对各池塘中的水体和底泥进行微生物多样性分析,同时应用传统微生物平板计数对各种微生物类群分析,并结合水体溶氧量、COD等理化指标对养殖水环境进行综合评定,以期为绿色和稳定的水产养殖模式提供实验基础。另外,通过对上海市金山区水产养殖基地内不同养殖结构下的对虾养殖底泥做出相关研究,给稻田甲鱼养殖模式提供些参考。崇明养殖基地稻鳖共养模式中理化数据分析表明,稻田甲鱼塘在化学需氧量、总磷、溶解态磷、总氮和氨氮指标上呈现较相似的变化规律,说明该养殖池塘中不同的指标之间具有一定相关性。鱼塘在电导率、DO值、总磷、溶解态磷、颗粒态磷、氨态氮和亚硝态氮等指标上具有很好的稳定性,表明鱼塘养殖水质更为稳定。崇明水体微生物计数分析表明,8-11月份,稻田甲鱼塘霉菌和酵母菌菌落数量比较稳定,维持在103CFU/mL水平；乳酸菌菌落总数也基本稳定在102CFU/mL。稻田中的各种菌的数量均维持在一个很高的水平,每个月中数量上基本稳定；鱼塘中各种菌的数量基本维持在一个较低水平,且每个月份中变化不是很大,基本维持稳定。应用PCR-DGGE技术分析微生物种类相似性可知,在各个月份中,稻田甲鱼塘的两个取样点之间细菌种类的相似性较高,其中在11月份相似性达到最高,为92.9%；鱼塘与其他各个池塘间的差异较大,其中在11月份差异达到最大值,为42.4%,说明这两个生境之间的差异还是很大的。从序列比对得出的最接近物种分类可以看出,水体中所检测到的细菌主要有土地杆菌属、黄杆菌属、变形菌门、拟杆菌门、金黄杆菌属和放线菌等,黄杆菌属和金黄杆菌属有一些是条件致病菌,需要在养殖过程中加以监测；硫酸盐还原菌的还原作用产生H2S恶化环境,毒害养殖对象。崇明底泥微生物计数分析表明,稻田甲鱼塘底泥中细菌、酵母菌、乳酸菌和有机解磷细菌菌落总数在10月份有所增加,达到105CFU/g水平,稻田和鱼塘菌落数量变化与水体基本一致。应用PCR-DGGE技术分析微生物种类相似性可以看出,稻田甲鱼塘的两个取样点之间细菌的相似性较高,其中在8月份达到最高,达到91.4%；鱼塘和稻田甲鱼塘的差异较大,其中11月份达到最大,相似性最低仅为13.1%。从测序结果可以看出,底泥中主要有黄杆菌科、鞘脂杆菌科和土地杆菌属细菌。金山区水产养殖基地南美白对虾养殖底泥微生物计数结果表明,在6-10月份泥塘和排水沟中的细菌、酵母菌、霉菌和乳酸菌的数量基本维持稳定,大体可以看出这两个塘,主要是泥塘在维持生态环境的稳定上有较大优势；而草池中的细菌和酵母菌在各个月份中比较稳定；气泡池中的乳酸菌和放线茵处于比较稳定的一个水平。从DGGE技术结合测序结果可以看出前两个月底泥的优势菌群数较少,而后面几个月的菌群种类稍微增多,这可能是由于到养殖后期池塘因为养殖饲料的过度投喂,造成了底泥中高磷氮等有机物及剩余饵料、虾排泄物以及其他有毒有害物质沉积于底部,造成一个较丰富的环境,利于很多细菌的生长增殖。因此,到南美白对虾养殖后期更需要加大防病控病机制,以免不必要的损失。