真核浮游生物分布广泛，是海洋生态系统中光合作用和初级生产的主要贡献者，在海洋生态系统稳定及物质循环和能量流动方面起着重要的作用。本文利用显微观察和分子技术，主要选取南海北部、南海中南部区域的典型站位，开展了真核浮游生物的多样性研究。夏季，选取南海中部和南部4个典型站位进行相关研究;冬季，选取南海北部2个站位进行相关研究。　　浮游植物镜检结果发现硅藻是多数站位的优势类群，其中菱形海线藻（Thalassionema nitzschioides）、细弱海链藻（Thalassiosira subtilis）和根状角毛藻（Chaetoceros radicans）分别是J47、ZX14和ZX48站位的优势种。　　通过对所有样品进行DNA提取、使用1对通用引物进行真核生物ITS1-5.8S-ITS2-28S rDNA区域扩增、克隆、测序;共获得534条克隆序列，并与NCBI数据库进行比对，结果表明:238条序列与Metazoan相邻近，296条序列与藻类、纤毛虫及放射虫相邻近。并通过序列比对和添加代表性参考序列。研究表明，表层水体中真核浮游生物的主要类群包括后生动物(Metazoans)、囊泡虫总门(Alveolates，包括纤毛类、甲藻和未培养海洋囊泡虫)、绿藻门(Chlorophyta)、不等鞭毛门(Stramenopiles)、定鞭藻纲(Haptophyceae)，以及“蓝色水域”所特有的有孔虫的Polycystine类群。　　在南海北部区域，近岸ZX14站位显微检测和分子技术结果相一致，确认该水域发生细弱海链藻水华;在吕宋海峡附近站位，遗传多样性分析发现绿藻和囊泡虫总门类群为优势群体，并检测到黑潮指示种之一——伯氏根管藻（Rhizosolenia bergonii）。南海中南部区域，囊泡虫总门(Alveolates)类群是该区域的最主要的优势类群之一。　　本研究利用生态学和分子生物学结合的方法，对南海部分海域真核浮游生物群落构成和遗传多样性进行了初步分析。研究结果为进一步研究南海海洋真核浮游生物多样性及其生态功能提供了参考依据。