猪戊型肝炎病毒上海株全基因组测序及上海地区动物抗体检测

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用北京万泰生物药业有限公司提供的动物用总抗戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)抗体试剂盒,采用双抗原夹心法,检测采自上海7个区7个规模猪场的4、9和18周龄生长猪、后备母猪、经产母猪血清样品共252份,8个奶牛场的奶牛血清样品96份,宠物门诊宠物犬血清样品43份,农贸市场鸡血清样品20份,鸭血清样品24份,上海野生动物园野天鹅等珍禽血清样品35份,以了解上海地区HEV抗体在以上动物中的分布情况。结果表明:88.8%(222/252)的猪,27.9%(12/143)的宠物犬,23.9%(23/96)的奶牛,检测到HEVIgG,鸡,鸭,珍禽没有检测到HEVIgG。4、9和18周龄猪、后备母猪及经产母猪抗体水分别为2.01±1.46、1.27±0.77、1.65±1.40、2.81±1.34、2.85±1.23;抗体阳性率分别为85.8%(42/49)、84.3%(59/70)、80.9%(52/63)、97.1%(34/35)、100.0%(35/35)。猪场和奶牛场的场阳性率均为100%。表明上海地区猪群感染HEV很普遍,奶牛和宠物犬感染HEV的比例也很可观。 根据不同基因型的HEV ORF2中507bp保守序列设计兼并引物,用逆转录套式聚合酶链方法(Reverse transcription nested polymerase chain reaction,RT-nPCR)检测猪粪中HEV RNA。在上海市九个区中,每区随机抽取2个规模猪场,每场收集18份2-3月龄猪的粪样,对其中13个猪场每场随机采集13份1月龄以下猪的粪样,4个猪场每场采集母猪粪17份,共计561份。从新疆三个地区五个猪场随机采集2-3月龄猪粪98份(部分检测)。结果表明,HEV RNA阳性率1月龄猪粪样品为8.2%(14/169),阳性场率为15.4%(2/13);2-4月龄猪粪样品阳性率为16.9%(55/324),阳性场率为72.2%(13/18);母猪粪样品阳性率为17.6%(12/68),阳性场率为75%(3/4)。将PCR扩增产物克隆pMD-18T载体上,构建成重组质粒,并将6个上海、3个新疆重组质粒测序,用DNASTAR软件进行同源性分析,Clustalx和Mega3.0软件绘制基因进化树。与53个猪源和人源HEV相比,6个上海株507bp与Ⅳ型的核苷酸同源性为85.6%~88.2%,与Ⅲ、Ⅱ、Ⅰ型为76.6%~82.5%,6个上海株间的核苷酸同源性为94.1%~99.0%。3个新疆株507bp与Ⅳ型的核苷酸同源性为84.6%~90.4%,与Ⅲ、Ⅱ、Ⅰ型为76.8%~81.7%,3个新疆株间的核苷酸同源性为86.1%~98.2%。6个上海株与3个新疆株间的核苷酸同源性为85.7%~88.0%。9株HEV都属于Ⅳ型。与两年前20个新疆猪HEV ORF2中的348bp序列相比,一株新疆猪HEV株与来自同一地域的7株
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