地球上的盐碱环境各式各样，这类环境有自然形成的，也有人工形成的。由于此类环境的特殊性，因此其生命形式主要以嗜盐菌为主。嗜盐菌作为一类新型微生物资源，具有极为特殊生理结构、遗传特性和代谢机制等特征，同时还能够产生许多具有特殊性质的生物活性物质，因此一直都是人们研究的热点问题之一。本文利用BIOLOG技术筛选出盐湖土壤样品微生物易于利用的碳源，再将筛选出的碳源添加进分离培养基中，并结合可培养方法分离新疆哈密南湖和艾丁湖中的嗜盐菌。然后利用细菌16S rRNA基因通用引物（27F/1492R）进行PCR扩增、测序及BLAST比对，找出与序列相似性最高的已发表的菌株。运用Mega4.0软件采用邻接法（Neighbor-Joining method）构建分离菌株的16S rRNA基因系统发育树进行系统发育分析，初步确定所分离菌株的分类地位，获得嗜盐菌的多样性信息，以期为分离培养基碳源设计建立一种快速可行的方法。新疆哈密南湖的研究结果显示，BIOLOG方法筛选出5种碳源，分别为海藻糖、蔗糖、柠檬酸、甘油和甘露醇，通过将筛选碳源添加至分离培养基的方法对哈密南湖土壤样品的嗜盐菌进行培养，共分离得到细菌和放线菌66株。经分子生物学鉴定归属为细菌域中3个门7个科14个属，其中厚壁菌门(Firmicutes)为优势类群（35株，53%），芽孢杆菌属（Bacillus）和Sediminibacillus属为优势属；其次是放线菌门（Actinobacteria（）22株，33.3%），拟诺卡氏菌属（Nocardiopsis）和链霉菌属（Streptomyces）为优势属；变形菌门（Proteobacteria）（9株，13.7%），全部隶属于盐单胞菌属（Halomonas）。这66个菌株归类于27个可操作分类单元，其中6株16S rRNA基因序列与最近缘种的同源性在94.24%-96.86%之间，可能为潜在的新种或新属。新疆艾丁湖的研究结果显示，BIOLOG方法筛选出5种碳源，分别为棉子糖、肌醇、柠檬酸、甘露糖和甘露醇，通过将筛选碳源添加至分离培养基的方法对艾丁湖土壤样品的嗜盐菌进行培养，共分离得到细菌和放线菌71株。经分子生物学鉴定归属为细菌域中3个门，其中厚壁菌门(Firmicutes)为优势类群（35株，49.3%），Sediminibacillus为优势属；其次是变形菌门（Proteobacteria）（22株，31%），全部隶属于盐单胞菌属（Halomonas）；放线菌门（Actinobacteria）（14株，19.7%），拟诺卡氏菌属（Nocardiopsis）为优势属。这71个菌株归类于26个可操作分类单元，其中15株16S rRNA基因序列与最近缘种的同源性在80.76%-96.86%之间，可能为潜在的新种或新属。新疆两盐湖土壤嗜盐细菌和放线菌均具有较为丰富的生物多样性，两盐湖都是厚壁菌门(Firmicutes)占优势，并且应用BIOLOG碳源筛选方法研究新疆两盐湖可培养嗜盐菌多样性，得知两盐湖可能含有丰富的嗜盐菌新物种，具有进一步开发研究价值。