为探究土壤微生物多样性及其功能对山核桃经营模式的指导作用，本文采用16SrRNA基因和ITS区高通量测序，分析了不同经营方式的山核桃林土壤中微生物群落结构，并分析了山核桃干腐病发病期，生态经营和过度经营山核桃林中，干腐病感病指数、土壤pH值、养分与细菌、真菌多样性的相关性。结果表明:　　1、生态经营山核桃林的感病指数为3.33，显著低于感病指数为81.93的过度经营山核桃林。　　2、生态经营山核桃林土壤pH值为6.64，接近中性，显著高于土壤呈酸性的过度经营山核桃林土壤。　　3、过度经营山核桃林土壤速效磷、速效钾和速效氮含量分别为18.10mg·kg-1、698.63mg·kg-1和227.13mg·kg-1，均显著高于生态经营山核桃林土壤。　　4、在属水平上，生态与过度经营山核桃林土壤分别有14与21个主要细菌属，8与27个主要真菌属。生态经营山核桃林土壤中鞘氨醇单胞菌属、Gaiella、溶杆菌属与棉革菌属、Xerocomellus、鹅膏菌属分别为细菌与真菌优势属，相对多度分别为2.29％、0.61％、0.57％与3.06％、0.76％、0.10％，均显著高于过度经营山核桃林土壤。过度经营山核桃林土壤中，Bryobacter、Candidatus Solibacter、慢生根菌属与丝盖伞属、蜡壳菌属、层腹菌属、锁瑚菌属、红菇属、块菌属分别为细菌与真菌优势属，相对多度分别为1.03％、1.40％、0.95％与27.12％、14.02％、6.95％、6.46％、4.51％、3.93％，均显著高于生态经营山核桃林土壤。　　5、两种经营模式下山核桃林土壤细菌、真菌均有较高的物种多度和多样性。过度经营山核桃林土壤真菌的Ace指数、Chao指数、Shannon指数和Simpson指数分别为451、441、4.11和0.905，均显著高于生态经营山核桃林土壤。　　6、pH值、速效磷、速效氮为土壤细菌优势属群落结构的显著性影响因子，而pH值、速效钾、速效氮为土壤真菌优势属群落结构的显著性影响因子。　　研究结果可为山核桃林可持续生态经营管理提供理论依据与技术支撑。