非编码小RNA是一类内源产生的基因表达调控因子,在真核生物的生长发育过程中发挥着极其重要的作用。家蚕作为一种重要的经济昆虫和生物反应器,其基因组测序的完成为非编码小RNA的鉴定和调控机制研究奠定了理论基础。本研究利用第二代SOLiD测序技术结合生物信息学分析,对家蚕的非编码小RNA进行深度挖掘和调控机制的研究。通过对14个不同发育时期的家蚕样本构建的混合库进行测序,检测到54个已知的家蚕miRNA(miRBase13.0),其中50个miRNA及其miRNA*被同时检测到。利用RNAfold预测得到287个新的miRNA分子,其中20%含有miRNA*。部分miRNA*的表达量超过了相应的miRNA,暗示了其功能的重要性。我们还找到了13个miRNA簇可能以共转录的方式行使相似的功能。此外,在家蚕成熟miRNA分子中发现存在SNP,说明转录后水平的修饰导致了miRNA功能的多样性。利用Stem-loop RT PCR对部分新的miRNA进行实验验证和表达量分析表明,一半以上的miRNA倾向于在四龄蜕皮期和前蛹期表达上调很可能参与了家蚕的蜕皮调控过程。结合靶基因预测,对家蚕miRNA潜在的功能及与蜕皮调控的相关性进行分析,发现家蚕特异调控的miRNA通常是一些激素代谢相关的酶类以及激素调控相关的转录因子和受体家族成员。根据生物合成和序列结构的特点,还分别预测得到18451个piRNA、134个mRNA起源的siRNA和2401个TE起源的siRNA。所发现的piRNAs和TE-siRNAs主要作用于家蚕的LINE,SINE和LTR等转座子,而mRNA-siRNA的靶基因通常是一些转录因子家族成员、酶和激素受体等。这些esiRNA很可能在与家蚕蜕皮相关的调控过程中发挥作用。本研究利用SOLiD测序的方法对家蚕基因组中部分非编码小RNA进行鉴定、分类和功能研究,不仅有利于阐明家蚕基因组中的非编码小RNA及其功能,而且有利于在基因调控层面上研究非编码小RNA在家蚕发育过程中的作用。