【摘 要】
：
CRISPR-Cas9基因编辑技术在临床治疗中具有巨大的应用潜力,为了确保其在临床应用中的安全性与可靠性,研究人员需要对CIRPSR-Cas9系统基因编辑的预期结果和非预期后果进行全面评估。目前,大多数基因编辑结果检测流程多是基于第二代测序（NGS）技术来检测的,可是第二代测序技术由于自身读长的限制,不适用于检测大片段插入或删除。新兴的第三代测序技术（3GS）很好的弥补了 NGS测序读长短的缺点,
论文部分内容阅读
CRISPR-Cas9基因编辑技术在临床治疗中具有巨大的应用潜力,为了确保其在临床应用中的安全性与可靠性,研究人员需要对CIRPSR-Cas9系统基因编辑的预期结果和非预期后果进行全面评估。目前,大多数基因编辑结果检测流程多是基于第二代测序（NGS）技术来检测的,可是第二代测序技术由于自身读长的限制,不适用于检测大片段插入或删除。新兴的第三代测序技术（3GS）很好的弥补了 NGS测序读长短的缺点,其理论上可以检测100kb以上的片段。针对大片段基因突变检测的需求,本研究开发了一套检测基因编辑后多种基因突变的方法,本方法使用通过长片段PCR技术,使用indel修正型barcode标记扩增出的产物,结合3GS中Oxford Nanopore测序技术（ONT）,实现对多个样本混合测序数据的低成本高效的自动化分析。由于ONT平台的测序精度比NGS低（95%）,为此我们开发了一个全新的数据分析流程GREPore-seq,并且使用python语言将流程编写成了数据分析工具软件。该流程可以定量分析非同源末端链接（NHEJ）介导的双联寡核苷酸（dsODN）插入,并且检测出的HDR插入效率高于使用Illumina的第二代测序（NGS）数据的CRISPResso2分析的结果（1.4-1.5倍）,并且两种结果之间具有很好的相关性（R2＞0.95）。GREPore-seq同样也可以用于检测同源定向修复（HDR）介导的大片段基因敲入,并且其检测结果与流式细胞仪（FACS）分析结果具有很好的相关性（R2=0.85）。值得注意的是,我们还首次在CRISPR切割位点发现了较低水平的质粒骨架的部分或全长插入。总而言之,本研究建立了一套可以定量分析CRISPR-Cas9基因编辑后产生的多种基因突变的方法,包括短dsODN插入、长片段基因插入、质粒骨架插入和CRISPR介导的大片段删除突变。目前 GREPore-seq 已开源上传至 GitHub（https://github.com/lisiang/GREPore-seq）和 NGDC BioCode（https://ngdc.cncb.ac.cn/biocode/tools/BT007293）,以供免费下载。
其他文献
研究背景:窦房结是心脏的重要组成部分,由起搏细胞组成,对维持心脏的正常起搏功能具有重要作用。窦房结功能障碍会引起病态窦房结综合征（Sick Sinus Syndrome,SSS）,但是由于成人窦房结组织在心脏中占比较小,体外分离提取困难,目前对SSS的研究中缺乏人源模型,导致对其不能进行更有效的预防和治疗。T-Box转录因子18（TBX18）是T-box家族中的一员,编码TBX18蛋白,在窦房结的
CRISPR-Cas9是一种RNA引导的DNA靶向内切酶系统,其在人类基因治疗领域的潜在应用已被人们广泛认识并且展开了积极研究。但在这种基因编辑技术进入临床之前,当务之急是全面调查其潜在的安全威胁。除了最初担心的脱靶效应,近年来人们逐渐对基因编辑的细胞和人类胚胎靶基因附近频繁发现的大片段缺失突变增加了关注。当细胞修复CRISPR-Cas9切割导致DNA双链断裂（Double-strand brea
目的:评价 R2-ISS 分期（Revision 2 of the International Staging System）在初治多发性骨髓瘤（NDMM）患者预后分层价值。方法:对2013年1月至2019年12月就诊于中国医学科学院血液病医院淋巴瘤中心的505例NDMM患者回顾性分析,并分别应用R-ISS分期、R2-ISS分期对患者进行危险度分层,比较不同分期系统预后分层价值。结果:（1）本研究
针对消费升级下皮具消费市场的新变化和皮具品牌建设的个性化要求,结合客户满意度理论对我国皮具品牌塑造进行研究。采用文献研究法对当前皮具品牌个性化塑造作详细梳理,结合美国心理学家亚伯拉罕·马斯洛的《人类激励理论》分析客户满意度的影响因素,认为皮具产品质量、产品相关支持性和辅助性服务、面对面服务水平、守信度、顾客情感5个方面是决定皮具消费者满意度的关键因素,并从文化、定位和情感3个角度提出基于客户满意度
背景:早产儿病情和预后存在较大的不确定性,父亲不仅需要面临照顾患儿和产妇的精神耗竭,还需要兼顾日常工作,身心承受巨大压力。早产儿父亲心理健康常常被忽视,不利于父亲角色的建立和亲子互动,影响早产儿长远期认知行为发育和家庭功能发展。创伤后成长是指个体在应对创伤或极具挑战性事件过程中发生的积极改变,属于积极心理学的研究范畴。现有研究用于改善父亲创伤后成长水平的干预时长和内容强度较大,可能会进一步增加早产
＜正＞ 脑器质性精神病与脑外躯体疾病伴发的精神障碍这两类疾病,均是在各种有害因素作用下,引起人体组织或器官结构发生改变而产生的精神障碍。换言之,这些疾病均有器质性变化的基础。因此,这两类疾病在病因、发病机理和临床表现等方面都与功能性精神病有明显的区别。
目的 系统评价基于“互联网+”的护理干预对癌症患者疼痛的干预效果并探索最佳的干预形式。方法 计算机检索PubMed、Embase、Web of Science、Cochrane Library、中国知网、维普数据库、万方数据库和中国生物医学文献数据库中关于基于“互联网+”的护理干预对癌症患者疼痛效果的随机对照试验，检索时限为建库至2022年5月。由2名研究者独立进行文献筛选、资料提取、文献质量评价
目的:长链非编码RNA（lncRNA）是包括细胞增殖在内的许多细胞过程的重要调节因子。虽然已有研究表明多种lncRNA在造血系统恶性肿瘤的发生发展过程中发挥重要作用,但是缺少一个更全面和无偏倚的方法以筛选出可能成为白血病临床治疗靶点的 lncRNA。方法:我们试图运用慢病毒shRNA文库结合二代测序筛选白血病细胞系增殖相关lncRNA。我们首先确定质粒文库包装成慢病毒文库后病毒感染细胞的适宜条件;
背景:散发性帕金森病（sporadic Parkinson’s disease,sPD）的发病机制未明（以下统称为PD）,尚无有效的根治措施。PD的主要病理学表现为α-syn及其聚集体如路易小体（Lewybodies,LBs）在脑内的沉积。近些年的研究发现α-syn/LBs具有朊蛋白样特性,在PD的发病中起着不可忽视的作用。同时,PD病人与啮齿类动物模型出现分子伴侣介导的自噬（Chaperone-
HIV病毒潜伏库的持续存在是艾滋病治愈的一大障碍。抗逆转录病毒治疗（Antiretroviral therapy,ART）可以控制HIV-1的复制,但不能完全清除长期存在的病毒潜伏库;一旦停药后,病毒会卷土重来,因此患者必须终身服药。“shockand kill”策略是目前基于ART的HIV功能性治愈策略之一,其利用潜伏感染激活剂（latency-reversingagent,LRA）激活潜伏库病