目前，行政单位基本已实施预算管理，根本上来说，预算绩效分析的好坏将直接影响预算的执行、反馈，反推至预算编制的全流程。如何合理、高效地进行预算绩效分析与评价，亦是财务界乃至公共管理界关注的话题。
　　当今社会，行政单位的资金使用效益始终为外界所诟病，不只是在我国，各个国家都或多或少地陷入民众对政府的不信任，对财政资金的透明使用存在质疑等情况。而零基预算和预算绩效是现阶段各个国家和经济体运用财政资金的一种普遍管理模式。为的就是提高资金使用效益，增加透明度，减低执政风险，提高政府公信力。零基预算法是目前行政单位的普遍预算编制方法，各国在经济发展的不同阶段对本国的预算模式进行探究和改良。文章在对比不同社会制度下东西方预算管理的差异的基础上，取其精华，将先进的管理理念和思路应用于我国现有的经济体制。在零基预算模式下对海关系统的预算绩效进行分析研究，采用数学建模等方法，将数据抽象成具体的可量化的数学模型，利用层次分析法对现有预算绩效效能进行分析评价。通过对数据的对比分析，以及对行政机关等单位工作人员的问卷调查结果，抽样数据建立适合的模型，运用SPSS分析工具，对现有数据进行分析，得出预算绩效指标的改进方向。旨在为预算绩效管理提供新思路，更好的将预算执行好，以发挥预算资金更大的效能。