引起葡萄皱木复合症的两种线形病毒的分子特性研究

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葡萄病毒A (Grapevine virus A, GVA)和葡萄病毒B (Grapevine virus B, GVB)在葡萄上引起茎沟病和栓皮病,这两种病害均为葡萄皱木复合症之一,对葡萄产业造成严重威胁。GVA和GVB在国内早有报道,但我国对其开展研究较晚,尚处于起步阶段。本研究从病毒检测入手,对来源于我国郑州国家葡萄种质资源圃、湖北省果树茶桑研究所、中科院果树研究所的74份葡萄样品进行了病毒检测;对得到的GVA中国分离物进行了组群鉴别,并基于GVA外壳蛋白(Coat protein, CP)基因,利用单链构象多态性(Single-strand conformation polymorphisms, SSCP)技术对我国GVA分离物分子变异及群体结构进行了研究;并对我国GVB分离物分子特性进行了初步研究,取得的研究成果如下:1采用三夹心抗体ELISA (Triple antibody sandwich ELISA, TAS-ELISA)和反转录-多聚酶链式反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction, RT-PCR)对来自于我国3个不同地区的共74份葡萄样品分别进行了GVA和GVB检测。结果表明GVA检出率高于国内之前的报道。尤其是2008年采自郑州的样品,GVA检出率高达82.8%,大大高于2002年同地区采集样品4.5%的检出率,由此推测造成GVA昆虫介体传播是造成GVA大范围发生的主要原因。相比于GVA的高检出率,GVB则较低,最高的为辽宁样品检出率为25%。2利用组群鉴别引物对所获得的40个GVA分离物所属的组群进行了鉴定,表明所有的分离物均属于组群Ⅰ和组群Ⅱ,没有属于组群Ⅲ的分离物。共克隆了14个GVA中国分离物的CP基因,全长597 nt。并基于CP基因的克隆进行了SSCP分析。根据有无优势单体型将SSCP图谱分为两种类型。对各分离物中代表不同单体型的克隆进行测序,共得到114条GVA CP基因序列。遗传距离分析表明,其中7个分离物含有高度变异的分子变种,为混合侵染,证明我国GVA群体存在遗传异质性;系统进化树分析表明GVA分离物可聚为三个分枝,分别代表了三个组群,其中组群Ⅰ可聚为两个亚组群ⅠA和ⅠB。本研究所获得的所有GVA分子变种均属于组群Ⅰ且大部分分子变种属于亚组群ⅠA。由此推测在这三个地区,属于GVA亚组群ⅠA的变种为优势分子变种。3得到一个分子变种组成特殊的分离物AF。混合侵染的7个分离物中有4个分离物包含的分子变种分别属于两个亚组群。除分离物AF外,其余3个分离物中属于亚组群ⅠA分子变种占绝对优势。而分离物AF中属于亚组群ⅠB的分子变种频率稍高于亚组群ⅠA的分子变种。4克隆了分离物罗查里奥和奇妙无核GVB基因组3’末端,包括完整的ORF5(Open reading frame) 372-375 nt和3’末端非翻译区(3’Un-translated region,3’UTR)154-151 nt序列。ORF5和3’UTR核苷酸序列系统进化树表明,这两个分离物亲缘关系较近,而与国外报道的分离物亲缘关系较远。5克隆得到三个GVB分离物罗查里奥、藤稔和无核白鸡心的全长CP基因,大小为594 nt。序列分析表明,藤稔和无核白鸡心分离物核苷酸与推导的氨基酸序列同源性均为98.5%,推测可能是由介体传播造成病毒传播。核苷酸系统进化树分析表明,藤稔和无核白鸡心分离物亲缘关系很近,而罗查里奥分离物与四川SL10分离物及日本分离物亲缘关系较近。氨基酸序列多重匹配分析发现,藤稔和无核白鸡心分离物存在5个特异的变异位点,其中第56位由非极性氨基酸谷氨酰胺变异为碱性氨基酸精氨酸,改变了局部净电荷,有研究表明净电荷可能与病毒致病力相关。
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