小麦籽粒蛋白质含量主效QTL-QGpc.hwwgr-4BS的精细定位及分子标记开发

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小麦(Triticum aestivum L.)籽粒蛋白质含量(Grain protein concent,GPC)关系到小麦面粉营养价值和加工品质,是小麦品质育种的一项重要指标。前期研究中利用“宁7840×Clark”重组自交系(RIL)群体在小麦4BS染色体上检测到一个控制GPC稳定表达的主效QTL—QGpc.hwwgr-4BS。本研究利用660K SNP芯片技术与RNA混池转录组测序(BSR-seq)技术对QGpc.hwwgr-4BS进行精细定位,并筛选与其紧密连锁的分子标记,研究结果为小麦GPC基因克隆及小麦品质性状标记辅助选择和分子聚合育种奠定理论基础。本研究取得以下主要结果:1. 小麦GPC与粒长、籽粒面积呈显著正相关。QGpc.hwwgr-4BS位于4BS染色体的Xgwm368-IWA4662标记区间,区间长度为17.5c M,LOD峰值接近IWA6850,解释的表型变异为22.0%,加性效应值为6.14g·kg-1。2. 利用660K SNP芯片技术共挖掘了1287个高质量差异SNPs,其中4B染色体上共含有933个SNPs,占比达72.5%。经SNP标记侧翼序列比对到中国春小麦参考基因组,获得3个与小麦GPC相关的差异SNP富集区,分别位于13.39Mb-52.57Mb、75.95Mb-143.60Mb及383.66Mb-465.59Mb区间。3. 采取RNA-seq共筛选出57445个可信SNPs,小麦A、B、D基因组分别含有21165、23988和11536个SNPs。关联分析表明仅在4B染色体上有两个与目标性状显著关联的区域,分别位于82.66Mb-110.70Mb区间及396.69Mb-425.08Mb区间。4. 在目标区间开发了12个KASP标记,最终将QGpc.hwwgr-4BS定位在两标记KP1241和KP0001之间,标记间的遗传距离为2.6c M,对应的物理区间为36.46Mb-46.92Mb,物理距离为10.46Mb,区间内共包含86个基因。
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