东北地区是我国的粮食主产区,其大豆和玉米作物产量高,秸秆资源丰富。秸秆具有丰富的氮磷钾养分,还田后能够改善土壤养分状况,减少化学肥料投入,减少农业生产的成本。另外植物生理性状往往与资源获取策略相关,而植物资源消耗和周转与根区微生物群落相关,因此根区微生物群落影响植物生产力。但目前关于秸秆还田对作物根区不同部位细菌、真菌和固氮菌影响的研究较少。因此,本研究在田间条件下设置不同的施肥处理,包括不施肥（CK）、施用氮磷钾无机肥（NPK）以及秸秆还田配施氮磷钾无机肥（NPKS）,分析大豆和玉米非根际土壤、根际土壤和根内以及大豆根瘤中细菌、真菌和固氮菌群落对施肥处理的响应程度,确定各施肥措施驱动作物根区显著富集的微生物类群及其主要影响因子,同时探究施肥处理对根部细菌群落的潜在功能、真菌的生态功能类群和固氮菌的固氮潜势的影响。主要结果如下:（1）施肥措施显著影响大豆和玉米根区（非根际土壤、根际土壤、根内生、大豆根瘤）的细菌群落结构,但对细菌群落多样性的影响不显著。施肥措施对大豆根瘤细菌群落结构和多样性的影响不显著。另外,施肥措施导致作物根区不同部位的细菌群落结构变化的影响因子不同,如,土壤铵态氮是导致大豆和玉米非根际土壤细菌群落结构变化的关键因子,土壤有效磷是导致大豆和玉米根际土壤细菌群落结构变化的关键因子,土壤p H是影响大豆和玉米根内生细菌群落结构变化的关键因子。施肥主要通过改变土壤及植株理化性质进而影响大豆和玉米根区微生物群落结构及功能,如秸秆还田（NPKS）通过提高土壤铵态氮、硝态氮、有效磷、植株氮等含量使得作物根部显著富集了Rhodanobacter、假单胞菌属等有益细菌和光能异养和氮固定等细菌功能;但秸秆还田处理在大豆根内生中显著富集了有害细菌青枯菌属和人类病原体、动物寄生虫或共生体相关的有害细菌功能。长期单施氮磷钾无机肥（NPK）显著富集了马赛菌属、链霉菌属等有益细菌和化能异养、芳香化合物降解等细菌功能,但单施氮磷钾在大豆和玉米根际土壤显著富集了有害细菌青枯菌属和动物寄生虫或共生体、人类病原体相关的有害细菌功能。（2）施肥措施显著影响了大豆和玉米非根际土壤、根际土壤和根内的真菌群落结构,对大豆根瘤中真菌群落的影响不显著。另外,施肥措施对大豆和玉米非根际土壤真菌群落多样性造成显著影响。关键影响因子因生态位而异,如土壤速效钾是导致大豆非根际土壤真菌群落结构显著变化的关键因子,土壤全碳显著影响了大豆根际土壤和根内生真菌群落结构。另外,相较于细菌,真菌类群对施肥措施更加敏感。秸秆还田配施氮磷钾无机肥（NPKS）在大豆和玉米根区富集了较多腐生型真菌（saprotroph）,如Tausonia、裂壳菌属、Tetracladium等,而不施肥（CK）和单施氮磷钾无机肥（NPK）富集了较多病原型真菌（pathotroph）,如镰刀菌属、木霉属、Metacordyceps、Drechsler a等。这主要由于秸秆还田后为腐生型真菌提供了充足的碳氮、纤维素等物质供其生存,而病原型真菌更宜生存于低养分环境中。（3）施肥措施并没有显著影响大豆土壤固氮酶活性和根区固氮菌群落多样性,但通过改变土壤呼吸速率和铵态氮含量显著影响了大豆非根际土壤和根际土壤固氮菌群落结构,根瘤内nif H基因拷贝数最多。秸秆还田显著提高了玉米土壤固氮酶活性和nif H基因拷贝数,施肥措施显著改变了玉米非根际土壤固氮菌群落多样性,并显著影响了玉米非根际土壤、根际土壤和根内生固氮菌群落结构。关键影响因子因生态位而异,如土壤总碳是导致玉米非根际土壤固氮菌群落结构差异显著的关键因子,土壤速效钾是导致玉米根际土壤固氮菌群落结构变化的关键因子。不施肥处理富集的差异物种相对丰度与土壤p H显著正相关,而与土壤总碳、总氮、铵态氮、有效磷、植株总氮、土壤固氮酶活性、nif H基因拷贝数等显著负相关。而秸秆还田配施无机肥富集的差异物种相对丰度则与大多数环境因子显著正相关,与土壤p H显著负相关。相较于不施肥和单施氮磷钾无机肥,秸秆还田配施无机肥土壤中固氮酶活性最高,这主要由于秸秆还田能够提高nif H基因拷贝数,而nif H基因拷贝数又与土壤固氮酶活显著正相关;另一方面秸秆还田通过改善土壤及植株养分性质为固氮菌群提供良好的生存条件。