公司治理是现代企业制度的核心内容。但国内有关民营科技企业治理的研究还非常欠缺。为此，首先从公司治理理论出发，找出完善公司治理机制的一些新思路。然后，为了能够直接面对实践中的问题和矛盾，以西安市民营科技企业为主要研究对象，有针对性地对西安市民营科技企业治理机制的现状进行了分析，在此基础上，发现问题，提出对策，以期对民营科技企业治理的实践有所裨益。 从两种相互对立的治理逻辑取向出发，通过分析它们的共同之处，找出了它们分歧的焦点在于对资本专用性的判断。直接针对分歧焦点指出，在民营科技企业发展的不同阶段人力资本和非人力资本的专用性是不同的，由此得出：公司治理的目标要用动态的眼光来看待。在此基础上，探讨了控制权的来源，指出治理目标若要实现，必须关注资源的专有性。最后从一个典型案例出发，将资源的专用性和专有性结合起来，指出，解决公司治理问题可以采用这样一种思路即使“专有性”资源同“专用性”资源相统一。 从外部治理机制和内部治理结构两方面对西安市民营科技企业治理现状进行了实证分析。认为西安市尚未形成一个公平竞争的市场环境，外部治理机制的作用难以发挥。与传统的国有企业相比，民营科技企业的治理结构存在一个显著的特征即企业产权非国有化，使企业产权有了“具体的”委托人。同时，大部分民营科技企业的治理结构还存在两大问题：一是过分依赖家族治理；二是现代企业制度运行不规范。 针对上述问题，提出了完善民营科技企业治理机制的对策：在家族监控为主的基础上，发展多方监控主体；进行董事会建设，提高决策的科学性；设置合理的报酬结构；构建代理人团队。此外，进一步针对过分依赖家族治理的问题对是否及如何改变家族企业进行了探讨，认为现有的一些研究将家族制视为一种落后的企业制度过于简单，而且仅仅从文化层面解释其存在的原因也不够全面。一方面家族制可以有效降低企业交易成本，提高治理效率；另一方面，高昂的制度变迁成本限制了家族企业向社会开放产权的过程。因此，在民营科技企业中彻底消除家族制是不现实的，企业应努力实现家族制与现代企业治理结构的融合。