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研究了分离于2008年至2012年上海市腹泻病人和依据问诊信息在疾病爆发地或患者所在社区的不同零售食品和环境中鼠伤寒沙门氏菌的药敏性、I类整合子和部分相关耐药基因的携带等基本特性,进行了产超广谱β-内酰胺酶(Extended Spectrumβ-lactmases,ESBLs)菌株的筛选及ESBLs基因亚型的确定,同时进行了基于脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)的基因型研究,揭示了不同来源鼠伤寒沙门氏菌的分子流行病学特征,在分子水平上探讨了临床患者源沙门菌和同一时间段在沙门氏菌爆发地区或者患者所在社区分离的不同食品源菌株间的内在联系,探寻了引发食源性疾病爆发的沙门氏菌及其食品载体。主要结论如下:(1)使用临床和实验室标准协会(the Clinical Laboratory Standard Institue,CLSI)推荐的琼脂稀释法测定沙门氏菌的药敏性,145株鼠伤寒沙门氏菌对磺胺异恶唑耐药率为100%,98(67.6%)株菌对萘啶酮酸产生抗性,对头孢噻呋、氨苄西林、链霉素、四环素、庆大霉素、甲氧苄氨嘧啶-磺胺甲恶唑、卡那霉素、阿莫西林-克拉维酸和氯霉素产生抗性的菌株的比例分别为49.0%、47.6%、46.2%、45.5%、35.2%、32.4%、31.7%、27.6%和27.6%。有2株菌分别对环丙沙星和左氧氟沙星产生抗性。临床鼠伤寒沙门氏菌和食源性鼠伤寒沙门氏菌对萘啶酮酸、氨苄西林、阿莫西林-克拉维酸、头孢噻呋、头孢曲松、氯霉素、庆大霉素、卡那霉素、链霉素、四环素、磺胺异恶唑和甲氧苄氨嘧啶-磺胺甲恶唑的耐药率之间无显著性差异(P>0.05)。114(78.6%)株鼠伤寒沙门氏菌可耐至少3种抗生素,52(35.9%)株可耐至少7种抗生素。(2)145株沙门氏菌中,59(40.7%)株菌株携带aac(6′)-Ib基因,oqxAB、qnrS、qnrA和qnrB基因分别在42(30.0%)、12(8.3%)、11(7.6%)和8株(5.5%)菌株中检出,未检出qepA基因。qnrA、qnrB、qnrS、aac(6′)-Ib和oqxAB基因检出率在临床和食品源沙门氏菌间无显著性差异(P>0.05)。3株分别来源于病人、猪肉和鸭肉的沙门氏菌的gyr A基因发生突变,突变氨基酸类型为Asp87Asn(n=2)和Asp87Tyr(n=1);parC基因未发现突变。17株沙门氏菌被检出携带Ⅰ类整合子,14株的Ⅰ类整合子大小是1.6 kb,3株整合子大小是2.0 kb。在其中15株携带的整合子中检出耐药基因盒aadA2,2株临床菌的Ⅰ类整合子分别携带耐药基因盒dfrA12-aadA2和aadA1。另外,检出5株菌产生超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)。在3株菌株检出ESBLs编码基因blaOXA,2株分离于鸭肉和牛肉中菌株同时检出blaTEM-blaOXA基因。(3)使用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法对菌株基因分型后,145株不同来源的鼠伤寒沙门氏菌总体上呈现为基因型的多样性。分离于猪肉、鸡肉和鸭肉的菌株与临床菌株的基因型具有较高的一致性,3株猪源性鼠伤寒沙门氏菌与4株临床菌株的PFGE基因型图谱相似度达到100%,1株鸡肉源性鼠伤寒沙门氏菌与1株临床菌株的PFGE指纹图谱相似度达到100%,部分鸭肉源菌株和鸡肉、猪肉、临床菌株具有高度相关的同源性。研究表明零售猪肉、鸡肉和鸭肉很可能是导致人类食源性沙门氏菌爆发的食物载体,在处理猪肉、鸡肉和鸭肉的过程中,需要采取必要的预防措施,来减少沙门氏菌感染的风险。