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藏羚羊全基因组序列公布后，充分研究和获取基因组微卫星序列的数据特征以及从全基因组序列中查找具有多态性的微卫星座位，开发准确高效的微卫星引物，对藏羚羊及近缘物种的保护遗传学研究具有重要意义。本研究以藏羚羊基因组数据库为基础，利用MISA软件对藏羚羊基因组进行微卫星分离，分析研究藏羚羊核基因组DNA中微卫星分布情况和特征。同时结合引物设计软件Primer3.0自动设计生成微卫星引物，设定相关随机抽取的参考标准，抽取部分引物，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测筛选具有多态性的微卫星位点，进而通过毛细管凝胶电泳检测验证引物多态性是否一致。研究结果如下：1、以2696.89Mb的藏羚羊全基因组数据库为基础，共查找到723135个微卫星座位，其中完全型微卫星有675809个。2、在六种微卫星重复类型中，单核苷酸有471142个占69.72%，是比重最多的一类微卫星；其次是二核苷酸、三核苷酸，分别为88832个和86658个，占总数的13.14%和12.82%；六核苷酸含量最少，仅215个，约占0.03%。其中，单核苷酸、四核苷酸、五核苷酸以及六核苷酸中A/T重复单元比较丰富；二核苷酸重复类型中，最常见的是AC/GT重复单元，其次是AT/TA重复单元，而GC/CG重复单元数量最少；三核苷酸中，AGC/GTC数量最多，其次是ACG/CTG和AAC/GTT，而CCG/CGG数量最少。3、从自动设计的46286对微卫星引物，随机抽选100对藏羚羊微卫星引物，共获得8对具有多态性的微卫星引物。