农药作为一种重要的植物保护手段，广泛的应用于农作物耕种中。我国每年农药原药的使用量在30吨左右，尤以有机磷、氨基甲酸酯类农药为主。但随着人们安全、环保意识的增加，越来越关注农药残留问题，许多高毒农药都纷纷被禁用。所以建立快速、准确、简便的检测方法势在必行。 质谱作为较为先进的一种检测手段，能够提供可靠的结构信息，是农药残留筛选和结构确证及测定的基础，并且越来越广泛的应用于农药的分析当中。 本论文中，选取了有机磷类农药共35个品种，和有机氮类农药(包括氨基甲酸酯类)共14个品种，系统的对其进行了质谱裂解途径的研究。采用离子阱式的串联质谱技术对各个农药进行了多级质谱的分析，根据质谱数据，总结其内在的裂解特点、途径和规律，建立了可靠的农药二级质谱数据库。结果表明，有机磷类农药的特征碎片主要有：m/z153，125，109，97，93，79，47等。氨基甲酸酯类农药的特征碎片为m/z58或者58+14n的系列离子。有些结构的有机磷类农药在质谱裂解过程中会发生氧硫异构。此外不同的电离方式(如EI或CI)对质谱裂解也有一定的影响，有些化合物会有不同的裂解碎片，有些化合物碎片离子的丰度则不同。CI中易掉乙烯、丙烯等小碎片后形成的离子丰度较强；而EI方式能量较大，碎片离子信息更丰富。化合物中不同的结构基团对质谱的裂解途径也会有一定的影响。有机磷类化合物中，长链含杂原子的化合物丰度较高的质谱峰以质量数较小的碎片为主；带有苯环结构、不同类型的杂环结构的化合物丰度较高的质谱峰以质量数较大的碎片为主。这些分析结果对未知化合物的质谱解析能够起到一定的指导作用。 在串联质谱用于农残分析的研究方面，本论文中选取了40种有机磷、10种有机氮和5种拟除虫菊酯类农药进行残留方法的建立。采用GPC净化技术，用确定的二级质谱分析参数，用不同的电离方式(EI或CI)一次分析所以化合物，依次对农药标准品、空白洋葱样品进行GC-MS-MS的分析，添加2个不同浓度水平的标准品进行方法的确证。大部分农药的回收率的范围在70-120％，RSD的范围为1.4-16％，检测限在1.3-50μg/kg之间，满足农药多残留的分析要求。结果表明，该分析方法快速、准确、省时省力，能够应用到日常的残留分析检测中。