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随着医疗体制改革的不断深入,提高公立医院的营运效率势在必行,信息化是提高公立医院运营效率的有效途径。会计信息系统的应用使财务信息资源的作用发挥得更加充分,同时也改变了传统的业务流程和运行环境。要保证会计信息系统的高效性、可靠性,建立合理有效的内部控制制度必不可少。尽管一些医院已经初步建立了会计信息系统内部控制的制度,但是在实际运行中其缺陷和滞后性日益显现,很大程度上是因为这些制度的建立一般是对以往非信息化环境下的内部控制制度的生搬硬套,或者是实际业务中根据经验的小修小补,缺乏理论上和宏观上的指导。本文将在调查研究的基础上,对四川省内公立医院会计信息系统进行评价,找出其问题和缺陷,提出一些针对性的对策和建议。本文首先对公立医院的特殊性加以分析,表明公立医院的内部控制不能完全照搬企业,必须根据公立医院自身的特点加以恰当设计。接着论述了本文的理论基础：控制论、系统论、信息论、内部控制理论以及内部控制评价方法的相关理论。其次,为了弄清四川省内公立医院会计信息系统内部控制的现状,设计针对医院基本情况、会计信息系统整体层面和业务层面的调查问卷发放给省内72家公立医院,问卷整体层面的问题设计对应五个一级指标和二十二个二级指标。通过搜集整理的问卷数据,本文采用层次分析法和专家咨询法确定每一个指标的权重,在此基础上采用SPSS13.0软件进行模糊综合评价,根据最终评价结果把这些公立医院进行排序；另一方面通过问卷对会计信息系统业务层面九个模块的调查分析找出其业务模块的应用和内部控制方面存在的具体问题。然后提出有针对性的对策和建议。最后是本文的研究结论和展望。经过对调查问卷的分析和评价,本文得出了如下结论：(1)四川省内公立医院会计信息系统的内部控制水平呈纺锤型结构；(2)三级公立医院的会计信息系统内部控制比二级公立医院要好；(3)公立医院会计信息系统内部控制的好坏与所使用的ERP软件并无直接关系；(4)公立医院会计信息系统基于五要素的整体层面和九个业务模块的内部控制均有较大的改进空间。期望本文的研究能对提高公立医院的内部控制水平做出一些有益的贡献。