淡水虾是真虾下目一个种类较为丰富的类群,其分类历史悠久,但其分类地位也存在一定的争议,这主要归因于其分布广泛、种类繁多且多数种类形态相似性极高。系统全面揭示区域物种多样性是开展生物多样性保护的前提,也是所有生物学问题研究的基础,作为人类良好的动物蛋白来源,淡水虾类具有重要的研究意义,其物种多样性研究是相关生物学研究和渔业资源保护与管理的基础任务之一。基于形态特征的物种识别对于非专业人士而言复杂且费时费力易误判,本研究基于COI基因和形态学特征对河南境内长江、黄河、淮河及海河4个水系的淡水虾类物种资源现状及隐存种进行研究,同时对河南境内淡水虾类广布种日本沼虾及锯齿新米虾群体的种群遗传多样性进行了分析,主要研究结论如下:（1）对采集于46个采样点1200余尾淡水虾样品进行初步传统形态学鉴别,其中传统形态学鉴定出9种淡水虾,从中筛选出包含各个分类群在内的222余尾样品进行进一步的分子生物学鉴定,分子生物学鉴定出12种淡水虾,其中两种只有一尾标本且形态损毁严重,无法进行形态鉴定。综合形态和分子特征结果表明,本省目前至少分布有9种淡水虾,形态鉴定与分子鉴定结果表现出具有较高的一致性。研究表明DNA条码技术在淡水虾类的物种鉴定中是可行的,COI基因适合用于淡水虾类物种的鉴定,且相较于形态学鉴定,分子生物学鉴定更加简便易行,其对于隐存种、形态上难以鉴别的种和可能存在的新种的鉴别能力要优于传统形态学鉴定;（2）日本沼虾的种群遗传多样性分析显示,河南境内日本沼虾18个地理群体共包含27个单倍型,其种群呈高Hd低π的特征,其中长江水系日本沼虾群体平均遗传多样性为4个水系中最高。系统发育分析及单倍型网络表明河南省境内不同水系日本沼虾群体间并未表现出明显的水系分化和地理结构。AMOVA分析表明日本沼虾遗传变异主要源于群体内（66.03%）。种群的历史动态分析结果显示日本沼虾群体近期未发生群体扩张事件。研究显示河南境内日本沼虾各水系之间遗传分化并不显著;（3）锯齿新米虾的种群遗传多样性分析显示,河南境内锯齿新米虾19个地理群体共包含35个单倍型,其种群整体呈现出高Hd低π的特征,其中长江水系锯齿新米虾群体的平均遗传多样性为4个水系中最高的,海河水系平均遗传多样性最低,但海河水系与其他水系之间遗传分化最为显著。系统发育分析未显示出明显的水系分化,但单倍型网络显示各水系群体间存在一定的水系分化。AMOVA分析的分析结果显示,锯齿新米虾群体的变异主要源于群体内（38.10%）。种群历史动态分析表明锯齿新米虾群体近期并未发生群体扩张事件。研究显示河南境内锯齿新米虾整体而言海河水系与其他各水系之间的遗传分化更为显著;（4）本研究系统初步的调查、评估了河南省淡水虾类资源的物种多样性及广布种日本沼虾和锯齿新米虾的遗传多样性现状,为淡水虾类相关研究提供了理论基础及参考依据,有助于使河南省淡水虾类种质资源尤其是广布种种质资源得到更好的增殖保护及开发利用。