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龙眼是我国南方亚热带特产名贵水果，我国科学工作者已就龙眼分类和鉴别做了一些工作，但已有的研究仍然存在部分品种分类结果不一致的现象，不利于龙眼生产发展；并且近年来福建省新选育（发现）了一些新的株系，其亲缘关系有待研究和证实；此外，在福建省陆续发现了一些龙眼焦核单株，这些单株的亲缘关系未见有较为全面的研究报道。本研究建立龙眼ISSR技术体系，运用ISSR技术进行龙眼遗传多样性的分子评价和分类研究，分析一些新选育单株（株系）和焦核单株的亲缘关系；同时，寻找与龙眼焦核性状相关的ISSR分子标记，为焦核龙眼的选育种提供依据。主要研究结果如下：1、龙眼叶片DNA提取方法的改进：龙眼叶片中富含色素、单宁和多糖，采用改良CTAB法从龙眼叶片提取较高质量的DNA。龙眼叶片研磨后，加入丙酮抽提这一步骤，可有效去除色素和单宁，对于老叶，可进行2—3次反复抽提；在DNA中加入1／10体积乙醇，1／30体积NaAc，冰浴1小时，再加入等体积氯仿混匀，1000g离心10min，吸取上清，重新沉淀DNA可去除龙眼中富含的多糖。2、龙眼ISSR—PCR反应体系的优化：建立适合龙眼的ISSR技术体系。龙眼ISSR-PCR反应最佳体系是：20μL体积中，模板DNA 25ng，引物0.2μmol/L，dNTPs 100μmol／L，Taq DNA聚合酶1.0 U，MgCl2 2.5 m mol／L，10×PCR缓冲液2.5μL。ISSR—PCR扩增反应的优化程序是：94℃预变性5 min；94℃变性1min，52℃退火1 min，72℃延伸90s，41个循环；72℃延伸7 min，退出。3、龙眼遗传资源的ISSR分析：筛选来自University of British ColumbiaBiotechnology Lab（UBCBL）的100个引物，获得12条多态性明显的引物；以这12条引物分析龙眼51份样品，共产生155条扩增带，平均每个引物产生的条带为12.9，不同引物获得的扩增带从10条～16条不等，其中最多的UBC873，为16条，最少的是UBC840产生10条酶带，DNA扩增酶带的多态性为95.4％，说明51份材料具有遗传多样性。根据ED法计算各样品间的遗传相似系数，采用UPGMA法进行龙眼亲缘关系分析，建立亲缘关系聚类树状图。以结合距离D=0.55为界，本研究可以将51份龙眼遗传资源分为中国龙眼和泰国龙眼两大类型，以D=0.27为界时，把供试的46份中国龙眼遗传资源分为8组。4、焦核性状ISSR分子标记研究：采用集团分离分析（Bulkedsegregantanalysis，BSA）方法，等量混合焦核单株的DNA构建焦核池Pc，等量混合非焦核单株的DNA，构建非焦核池Ps，ISSR扩增两个池间的差异片段。从12多态性高的引物中筛选到引物UBC842在焦核池中扩增出特异的约666bp DNA条带，在8个焦核单株和8个非焦核品种间的扩增进一步证实666bpDNA条带只存在于焦核单株中，而在非焦核品种中没有该片段，从而初步认为引物UBC842扩增出的666bp DNA条带与龙眼焦核性状相连锁。