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马氏珠母贝（Pinctadamartensii）是我国海水珍珠生产的主要贝种，已有40多年的大规模养殖，但还没有培育出优良的养殖品种，致使养殖群体性状退化，导致我国海水珍珠质量明显降低、国际竞争力下降。因此加强遗传育种的基础研究和分子标记辅助育种的应用研究，培育出生长快、个体大、育珠性状好的珍珠贝品种具有重要意义。以马氏珠母贝选育系F3为亲本，建立了36个家系，按照常规技术进行幼体培育和海区养成。7个月后，随机选取4个家系，每个家系取样30个个体，利用筛选的微卫星引物进行PCR扩增，分析候选家系的遗传结构和系谱。结果表明：（1）13个微卫星引物在四个家系中共检测到39个等位基因，每个位点的等位基因数在25之间，四个家系的平均观测杂合度（Ho）为0.5310.597，平均期望杂合度（He）为0.4740.507；（2）根据子代基因型成功的推断出四个家系的亲本基因型。以标记PM142为例，通过子代基因型推断出3#、4#、5#及10#四个家系双亲的基因型分别为116/112×116/112、122/112×116/112、116/112×112/103、122/112×116/112，随着标记数量的增多，可据此鉴别各个家系；用UPGMA法对120个样本进行聚类分析，98.3%的同一家系的子代个体能够聚到一起，分类结果与系谱来源基本一致。结果说明，这四个家系具有较高的遗传多样性，但家系间已出现明显的遗传分化。由于此方法首次成功应用在珍珠贝，为该物种群体系谱分析提供了一种新的便捷途径。从快速生长系F3选择亲本进行群体繁殖，雌雄亲本数量分别为42和38个，人工解剖受精，按照常规技术进行幼体培育和海区养殖。从子代随机选取90个幼体，利用45对微卫星标记进进行PCR扩增，分析其遗传结构和有效亲本数量。结果共检测到45个微卫星位点，186个等位基因，每个位点的等位基因数在29之间，平均每个位点有4.13个等位基因。平均观察杂合度为0.543；平均Shannon多样性指数为1.012；平均PIC值为0.491。根据基因频率的似然率算法成功的推断出该群体含有30个全同胞家系，有效亲本数量为60个，有75%的亲本参与了繁殖。世代之间近交系数增量△F=0.83%，F4代群体的近交系数F=3.27%。本研究结果说明：（1）该选系F4具有较高的遗传变异；（2）本实验是人工解剖受精，在此情况下精子与卵子混合均匀但是有效亲本数量没有达到100%，推其原因可能为某些亲本间近交导致后代存活率降低。利用本实验室自主开发的50个马氏珠母贝EST-SSR标记,对马氏珠母贝F4代快速生长选育群体的90个个体基因组DNA进行PCR扩增，然后使用统计软件SPSS对50个微卫星标记与马氏珠母贝总重、壳长、壳高、壳宽和韧带长相关性进行了方差分析。结果显示，共有18个微卫星标记与马氏珠母贝的5个生长性状相关，其它32个标记对性状的影响未达到显著水平。研究发现9个标记与总重显著相关（p<0.05）；12个标记与壳长显著相关，其中3个是极显著相关；14个位点与壳高显著相关，其中3个为极显著相关；6个位点和壳宽显著相关，其中一个标记为极显著相关；5个标记与韧带长显著相关。对同一标记不同基因型间进行多重比较,找到了与5种性状相关的基因型。该研究结果为马氏珠母贝生长性状的进一步QTL定位和建立准确、有效的分子标记辅助育种工作打下了良好的基础。