以地缘为基础的区域经济一体化,是市场竞争和现代经济发展的趋势和体现,因为其具有集聚效应,所以可以降低成本,实现优势互补,从而实现整个区域的发展,诸如我国的长江三角洲、珠江三角洲等地区都在为实现区域经济一体化而进行着艰辛的实践探索。在我国由条条管理的经济管理模式逐渐向块块管理的经济管理模式转变的过程中,地方政府以及地方政府之间的合作成为推动区域经济一体化进程的关键力量。事实上,区域经济一体化中的地方政府合作格局在我国已逐渐形成,但仍然面临着一些困境。本文围绕区域经济一体化中地方政府合作的困境展开论述,运用文献分析、理论分析、案例分析、比较分析的研究方法,目的是对区域经济一体化中的地方政府合作困境予以原因分析并提出解决思路,以期强化地方政府之间的合作,形成区域经济一体化发展的新格局。具体来说,本文认为,我国区域经济一体化中地方政府合作的困境有：地方政府缺乏统一的合作战略考虑；地方保护主义阻碍着生产要素在区域内的自由流动；生态分割与跨界污染；地方政府合作组织的形式与协调效力的困境；地方政府间相互不信任；合作成本的分担与合作收益的分享；地方政府合作的监督缺失。形成这些困境的原因有：合作中的地区之间发展不平衡；地方利益与地方合作的悖论；行政区划分割的体制性障碍；缺乏有关地方政府合作的法律保障；缺乏中央政府有效的政策或制度保障。走出这些困境的思路有：树立合作共赢的现代行政理念；强化中央政府的协调作用；转变政府的经济职能；优化地方政府绩效评估体系；创立制度化的多层次组织机构；完善相应的法律制度。