本文研究了鱼蚌综合养殖池塘中三角帆蚌和鱼类肠道细菌的组成，两种不同规格银鲫肠道定植细菌组成以及EM对草鱼、鲫肠道细菌种类组成的影响。　　 实验—采用PCR-DGGE(PCR-denaturing gradient gel electrophoresis)方法研究了池塘混养三角帆蚌（Hyriopsis cumingii）、草鱼（Ctenopharyngodon idella）、鳊（Parabramis pekinensis）、银鲫（Carassius auratus gibelio）、青鱼（Mylopharyngodon piceus）和鳙(Aristichthys nobilis)的肠道细菌组成，并分析了水体中的浮游细菌对鱼、蚌肠道细菌的影响。实验二采用PCR-DGGE（PCR-denaturing gradient gelelectrophoresis）方法研究了同一养殖池塘中两种不同规格银鲫的肠道细菌组成。实验三研究了向养殖水体中添加EM菌制剂，对草鱼和鲫肠道细菌种类组成的影响。　　 实验一研究结果表明三角帆蚌和混养鱼类肠道细菌属于厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、蓝细菌(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)。其中，三角帆蚌肠道优势菌群为不动杆菌属（A cinetobacter）、志贺氏菌属（Shigella）和分枝杆菌属（Mycobacterium）;草鱼肠道优势菌群为梭菌属（Clostridium）;鳊肠道优势菌群为梭菌属（Clostridium）和假单胞菌属（Pseudomonas）;鲫肠道优势菌群为不动杆菌属（Acinetobacter）和志贺氏菌属（Shigella）;青鱼肠道优势菌群为梭菌属（Clostridium）和不动杆菌属(Acinetobacter);鳙肠道优势菌群为不动杆菌属（Acinetobacter）和弧菌属（Vibrio）。三角帆蚌与鲫肠道细菌谱带相似性较高，草鱼与鳊肠道细菌谱带相似性较高。水体浮游细菌优势菌群为类芽孢杆菌属（Paenibacillus）.三角帆蚌及鱼类肠道细菌群落与水体浮游细菌群落组成相似性较低，表明水体中浮游细菌对三角帆蚌和混养鱼类肠道细菌群落组成影响有限。食性接近的各类肠道细菌组成相似度较高，表明食性对肠道细菌组成影响较大。实验二的研究结果表明银鲫肠道定植细菌主要属于变形菌门和厚壁菌门，鱼类生活史中肠道细菌存在不同菌群的定植演替过程。实验三在投放EM菌制剂的水体中养殖的草鱼、银鲫肠道中未检测到EM菌中的细菌，表明EM菌中的细菌未能在肠壁上定植。