伊丽莎白一世女王即位后，社会稳定、宗教、经济诸多问题亟待解决。她重用塞西尔，改组枢密院，恢复小规模的枢密院。有势力的贵族和教士成员逐渐被排除在枢密院之外，有经验的行政管理者取而代之。伊丽莎白一世时期的枢密院逐渐成为一个世俗化的统治机构，它的工作效率得到了有效提高。 伊丽莎白一世时期的枢密院行使三项基本职能，即咨议职能、行政职能和司法职能。枢密院成员一般会就一些政策问题进行商议，在达成一致意见后向女王提出建议，女王在作出决断以后诉诸枢密院予以实施。在伊丽莎白一世时期，女王拒绝或不理会枢密院所提供的建议的情况屡见不鲜。即便这样，枢密院顾问官们仍然千方百计地向女王施加影响。在女王与达朗松的婚姻谈判以及英国是否出兵尼德兰的问题上，女王最终都接受了枢密院的建议。这说明枢密院在参与决策方面发挥了很大的作用。 枢密院日常工作的增多，使枢密院的行政职能得到加强，日常行政工作成为它集中精力最多的方面。监督地方官员，处理私人上诉事务，维持政府的秩序使得枢密院介入司法事务。枢密院在行使行政职能时被赋予了更多的权力，这使它向一个最高政府机构演化。 枢密顾问官们不仅仅满足于向女王提供建议，而是力争取得女王的同意。女王则注重维护自己的权威，坚持自己的政策，对枢密院顾问官们先后采取了各种应对措施。例如，她亲自出席枢密院会议，直接阐述她的政策，以便压制枢密院内她所反对的观点。后来，她又采取不出席枢密院会议的方式，使自己避免遭受来自那里的政治压力。她还与个别的枢密顾问官单独协商，或者在枢密院以外寻求意见，获取信息。 16世纪90年代以前，枢密院内经常出现意见上的纷争，但尚未影响到枢密院内的基本团结一致。16世纪90年代，在罗伯特·塞西尔与埃塞克斯伯爵之间发生的个人以及政治上的分歧，确实到最后演变成为一场派别斗争，结果导致枢密院内的平衡被打破，出现个人垄断的不良局面。