【摘 要】
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本研究以288头金华猪×皮特兰猪资源参考家系为研究对象,测定经济性状（12个生长性状,6个胴体性状,9个肉质性状）表型数据。采集血样,并提取血液DNA,利用Illumina Porcine80KSNP芯片进行基因型分型,利用PLINK软件对基因型分型数据进行质控,利用GEMMA软件将质控后的SNP位点与上述目标性状进行关联分析。本研究旨在得到显著性SNP位点,并搜寻位点相关的候选基因。所得的结果为
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本研究以288头金华猪×皮特兰猪资源参考家系为研究对象,测定经济性状（12个生长性状,6个胴体性状,9个肉质性状）表型数据。采集血样,并提取血液DNA,利用Illumina Porcine80KSNP芯片进行基因型分型,利用PLINK软件对基因型分型数据进行质控,利用GEMMA软件将质控后的SNP位点与上述目标性状进行关联分析。本研究旨在得到显著性SNP位点,并搜寻位点相关的候选基因。所得的结果为:（1）基因型分型结果质控后一共得到48796分有效SNPs位点,染色体水平显著阈值为2.05E-05,基因组水平显著阈值为1.02E-06。（2）生长性状一共检测到了 36个染色体水平显著的SNPs和7个基因组水平显著的SNPs,在13号染色体上分布最多。胴体性状一共检测到了 13个染色体水平显著的SNPs,在4号染色体上分布最多。肉质性状一共检测到了 48个染色体水平显著的SNPs和4个基因组水平显著的SNPs,在1号染色体上分布最多。（3）生长性状搜寻到了 26个候选基因,主要涉及离子迁移,ATP结合,核苷结合等过程。胴体性状搜寻到了 11个候选基因,主要具备神经调节、细胞形态发生,酶调节剂活性等功能。肉质性状搜寻到了 44个候选基因,主要涉及核酸代谢、生物合成等负调控过程。（4）综合已有基因功能报道,初步推断COL9A1,SMAD4为出生重的主要候选基因,TIAM1为胴体重的主要候选基因。本研究结果为了解金华猪、皮特兰猪的经济性状遗传机制提供了线索,为后续的分子功能验证提供了基础,对品种改良工作提供了新的思路。
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