侦查启动程序的设置主要是为了阻止非刑事案件进入刑事诉讼程序中,以避免造成侵害无辜公民权益的不良后果。从世界范围内来看,侦查程序的启动主要分为程序型启动和随机型启动两种模式。我国的侦查启动程序就是典型的程序型启动模式。不同于随机型启动模式侦查启动的随机性,在我国,是通过刑事立案这一特定程序开启刑事侦查的。我国刑事立案程序自前苏联引入,自设立之初就被赋予了丰厚的功能价值,在实现侦查行为控制、统计预防犯罪以及在案件程序分流方面都能够发挥重要作用。但在程序的运行过程中,由于立法和司法的实践偏离,导致立案程序也逐渐偏离了其预设的价值轨道。具体而言:首先,由于立法规定的立案标准存在逻辑悖论,使得初查在立案前的调查阶段被广泛运用,但随着实践中初查措施的扩大化,强制措施不断涌入其中,侦查控制功能被架空,公民权益遭受侵害的风险加大。同时,由于立法过于依赖立案阶段的侦查控制,在立案后并未设置有效的第三方侦查控制,导致整个立案到侦查阶段的侦查控制都难以实现。其次,在唯“破案率”的绩效考核机制的催化下,“不破不立”现象滋生。同时,由于立案监督的乏力,导致违法立案现象普遍。最后,由于“行—刑”二元结构下的入罪标准模糊,导致实践中程序分流无所适从。加之立法规定的分流之后的纠纷处置途径单一,导致很多行政违法行为被犯罪化处理或是犯罪行为仅受到行政处罚。这些问题严重影响了我国侦查启动程序的功能实现,因而,有学者主张将其废除。但是,本文认为,任何制度的设置皆非随意为之,对其存废也应保持理性谨慎的态度。结合我国国情,目前仍应继续坚持程序型启动模式,并对之进行完善。理由在于,尽管目前我国的侦查启动程序在运行过程中出现了困境,但仍应当理性看待和分析这些问题并提出有针对性的对策。可以在结合我国国情的基础上,借鉴域外的有益经验,实现对我国侦查启动程序的完善。具体而言,首先,需要优化现有的刑事立案标准,改造该标准造成的立案逻辑悖论,以消除其对刑事立案实践造成的消极影响。同时对立案前的初查进行立法规范,明确其作为刑事调查行为的定位,规范初查的措施。并且构建司法审查制度,以防止强制措施的滥用。其次,建立科学的绩效考核机制,破除不合时宜的考评标准。同时,加强对违法立案的法律监督,强化监督的手段和措施。最后,改善行政违法和刑事犯罪立法界分不清的问题、完善“行—刑”案件之间的转换衔接机制,明确程序转换的具体规定,同时丰富完善分流纠纷的救济途径。以期最终实现对我国现行侦查启动程序的改造与完善。