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绵羊肉具有低脂、低胆固醇、高蛋白质、风味独特和易消化等特点深受消费者的青睐。目前大多数研究者依然以理化性质进行测定,而利用高通量测序技术研究却很少。本研究以绵羊的背最长肌进行高通量转录组测序,利用RNA-Seq技术对绵羊背最长肌进行转录组比较分析,筛选出不同绵羊肉质之间差异表达基因。通过对差异表达基因进行GO和KEGG功能富集分析筛选出与肉质性状相关的信号通路和生物学过程,进而筛选出与肉质性状相关的表达基因,同时也为深入研究绵羊肉质性状基因及功能作用等提供了数据理论依据。(1)本研究构建4种绵羊背最长肌进行高通量测序,每种绵羊均有3个样品,转录组数据共得到220G的Clean Reads。(2)不同绵羊背最长肌之间相互比较分析共得到2477个差异表达基因。其中BM与STH之间,得到差异表达基因614个;BM与SNT之间,得到差异表达基因1395个;BM与DBH之间,得到差异表达基因619个;STH与SNT之间,得到差异表达基因812个;STH与DBH之间,得到差异表达基因540个;SNT与DBH之间,得到差异表达基因433个。(3)上下调差异表达基因进行分析,共筛选到上调差异表达基因有1079个,下调差异表达基因有1581个。相对于BM,STH上调基因201个,下调基因413个;SNT上调基因390个,下调基因1005个;DBH上调基因318个,下调基因301个。相对于STH,SNT上调基因194个,下调基因618个;DBH上调基因283个,下调基因257个。相对于SNT,DBH上调基因225个,下调基因208个。(4)4种绵羊之间的差异表达基因进行GO与KEGG富集分析,GO富集分析结果显示差异表达基因主要富集肌肉细胞组织器官发育以及横纹肌的收缩、糖类代谢过程和磷酸代谢过程等生物学过程。KEGG Pathway富集分析,共得到61条显著性信号通路。KEGG富集分析结果显示差异表达基因主要参与调节肌动蛋白细胞骨架、调节多能干细胞、AMPK、趋化因子、PI3K-Akt、FoXO等信号通路。(5)对差异表达基因进行基因共表达网络分析,筛选出3个与肉质相关的模块,对其分析发现,3个模块的基因与肉质相关性极高。分别做三个模块的子网络分析,共得到83个关键基因,经过查阅文献,发现其中39个关键基因在已经报道的肉品质相关文献中被报道,其它的44个基因目前没有报道与肉质相关的文献,也可以作为下一步研究肉质性状相关的候选基因。