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本研究运用反转录PCR与5’和3’RACE的方法,分别首次测定了在中国分离得到由麦长管蚜和麦二叉蚜和禾谷溢管蚜传播的大麦黄矮病毒PAV的基因组核苷酸全序列(GenBank登录号:AY855920)以及辣椒轻斑驳病毒中国分离物的基因组核苷酸全序列(GenBank登录号:AY859497),并与其它相关病毒(分离物)进行了比较。 根据已报道大麦黄矮病毒PAV的CP基因序列以及PAV、GAV基因组序列同源性序列设计引物,通过RT-PCR获得PAV-CN的CP序列及其它四条扩增片段。经过克隆、序列测定和拼接得到PAV基因组RNA大部分核苷酸序列。最后经过5’RACE和3’末端寡核苷酸锚定PCR完成基因组RNA全序列测定。序列分析表明,该病毒分离物的RNA基因组全长5652nt与BYDVs的相当。通过PAV-CN和BYDVs具有代表性的分离物序列同源性比较发现,虽然PAV-CN有着和其它PAV分离物相类似的基因组结构,而且在病毒基因表达机制,以及与基因表达相关的序列也存在的一定的保守性,但PAV-CN在基因组结构上也有其特殊性。首先从基因组全序列来看,整个基因组同源性PAV-129与PAV-CN的同源性最高,但也仅80.2%,而其它PAV分离物均低于80%。其次PAV-CN的ORF1和ORF2与PAV-129的同源性最高,而PAV-129按这两个区域来划分的话,其是介于黄症病毒属和马铃薯卷叶病毒属之间的一类病毒。然后PAV-CN的ORF3(CP)非常特殊,它与PAV很多分离物(包括PAV-129在内)的氨基酸序列同源性仅为71.0-74.0%,而其它PAV之间均高于86.0%。再次,尽管有报道ORF5与蚜传特性有关,但PAV-CN的ORF5与其它的PAV所推测的氨基酸同源性也只有80.0%左右,而其它PAV之间均高于90%;最后,在四个非编码区中虽然与黄症病毒属相对应保守区也较为保守,但同源性相对来说并不高。PAV-CN的5’末端非编码区与GAV的同源性最高,其中5’末端非编码区与GAV的同源性高达97.9%,而与PAV分离物最高仅为92.9%;3’非编码区与除与PAV-129同源性为81.5%外,与其它PAV分离物的同源性均低于75%。 同时根据已报道辣椒轻斑驳病毒PMMV的基因组序列同源性序列设计引物,通过RT-PCR获得PMMV的五条扩增片段。经过克隆、序列测定和拼接得到PMMV-CN基因组RNA大部分核苷酸序列。最后经过5’RACE和3’末端寡核苷酸锚定PCR完成基因组RNA全序列测定。PMMoV-CN基因组RNA由6356个核苷酸(nt)组成,与PMMoVC-1421()一样在6317核苷酸处有一个T核苷酸的缺失(图2.15,GenBank登录号为)。其含有四个开放阅读框架(ORF),且各个ORFs之间不重叠。PMMoV-CN与其它PMMoV无论是在基因组全序列还是各个ORFs的核苷酸和氨基酸都有