在活体状态下应用核磁共振成像（MRI）技术研究了五种蝙蝠的脑部结构,包括小蝙蝠亚目的三个种（Rhinolophus ferrumequinum, Myotis ricketti, Myotis chinensis）,能够发超声的大蝙蝠（Rousettus leschenaultii）和不能发超声的大蝙蝠（Cynopterus sphinx）。在所得的图象中计算出上丘（SC）和下丘（IC）相对于脑干体积的相对体积,并且在不同种类之间进行了比较。结果表明:小蝙蝠IC的相对大小要比大蝙蝠的大的多,能够发超声的大蝙蝠的IC也比不能发超声的大蝙蝠的大。大小蝙蝠的SC的相对大小则比较相近。根据现有的大蝙蝠起源于小蝙蝠的观点,我们推测,在漫长的进化过程中,大蝙蝠由于逐渐用视觉和嗅觉代替了听觉在觅食和定位中的作用,因而作为听觉系统中比较重要的核团之一的下丘有退化的趋势。我们的结果和前人运用组织切片的方法得出的结论一致,说明核磁共振作为一种非侵入性的技术手段同样能够对蝙蝠大脑的结构进行有效的研究。我们还运用用磁共振连续动脉自旋标记（CASL）方法来测量蝙蝠的脑血流（CBF）值（半定量）,用改进的梯度回波序列来测量蝙蝠大脑的氧合水平变化值（R2*值）。通过这两个值的测量来研究大小蝙蝠随温度降低脑功能的变化,并在两类蝙蝠之间进行了比较。研究发现大小蝙蝠的体温都随环境温度的降低而降低,小蝙蝠的体温最低降到了10℃左右,而大蝙蝠的体温最低只能降到24℃左右。大小蝙蝠的脑血流都随体温的降低也有所降低。其中大蝙蝠丘脑的脑血流显著下降,大脑皮层的脑血流的降低不显著,同时二者R2*值的下降都不显著。相反小蝙蝠的大脑皮层和丘脑的脑血流和R2*值都有显著下降。这说明小蝙蝠在低温下可以进入深度的迟钝状态,即冬眠状态,而大蝙蝠在低温下虽然也能够进入迟钝状态,但其能力显然远不及小蝙蝠。这说明大蝙蝠应对低温环境的能力不及小蝙蝠。