【目的】对30株中国兰属植物菌根真菌进行分子鉴定及遗传多样性分析,进一步探讨中国兰属植物与其菌根真菌的专一性。【方法】以真菌通用引物ITS1/ITS4,扩增分离自云南6种兰属植物的30株菌根真菌的rD-NA ITS序列,再与GenBank中的菌株rDNA ITS序列进行Blast比对,并采用非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析。【结果】rDNA ITS序列Blast比对结果显示,分离的30株菌根真菌分别隶属于镰刀菌属、毛壳菌属、柱孢霉属和瘤菌根菌属,与形态学鉴定结果一致;菌根真菌ITS1-5.8S-ITS2序列总长429～563bp,GC含量为41.67%～58.06%,其中ITS1长92～259bp,GC含量为47.66%～58.62%;5.8S长155～158bp,GC含量为40.81%～52.05%;ITS2长146～192bp,GC含量为38.78%～55.56%;聚类分析显示,30株菌根真菌可分为4组,其中,分离自送春、蕙兰、建兰的菌根真菌皆属于镰刀菌属,聚在Ⅰ组上;分离自春剑的菌根真菌除CJ7单独聚在Ⅳ组外,其他均聚在Ⅰ组上;分离自莲瓣兰、春兰的菌根真菌分别聚在Ⅱ和Ⅲ与Ⅰ和Ⅱ2个分支上,分离自莲瓣兰的菌根真菌聚在Ⅱ、Ⅲ2个分支上。【结论】在供试的6种兰属植物中,春剑、春兰、莲瓣兰和蕙兰菌根真菌的遗传多样性较送春、建兰丰富;蕙兰、送春、建兰与菌根真菌的专一性较强,而春剑、春兰、莲瓣兰与菌根真菌的专一性相对较弱。