农业非点源污染由于其特有的分散性及时空异质性等特点,对其进行有效的控制较为困难。最佳管理措施(BMPs,Best Management Practices)是实现流域农业非点源污染控制的有效手段。国内外相关经验表明,合理的BMPs配置能够有效控制农业非点源污染的影响。而对BMPs方案的成本-效益进行评估则是实现BMPs优化配置的前提条件。通过对目前国外及中国的成本—效益研究案例剖析基础上,分析了BMPs成本—效益研究的现状、意义以及局限性。结果表明:(1)目前BMPs配置的成本—效益研究多以"典型"区域或小尺度模型为基础进行分析,未考虑不同研究区之间的差异;(2)仅关注某种措施的生态效益,或者BMPs实施中所发生的直接成本(如:成本—收益、成本效益曲线),未考虑BMPs实施的外部成本;(3)对BMPs成本-效益评估的不确定性表征不足。基于上述评述,对中国今后流域非点源污染控制BMPs配置研究中成本—效益分析及相关政策的制定和实施提供了一些建议和启示。