《水经注》的武英殿本和自刻本皆出自戴震之手,但却是两种性质完全不同的版本。在戴震接受殿本《水经注》校订之前,乾隆皇帝已为《水经注》题诗,竭力贬低以朱谋本为代表的"近刻"而抬高大典本。这实际上就给《水经注》的校订定了调子,下了御旨。因此,尽管《水经注》宋代已亡佚五卷,而殿本仍"割裂以傅合四十卷之数",以示其底本(即大典本)所谓"全文具存"的完整性。戴震在校订中已竭尽考古之功,但为了美化大典本,还要把大典本的讹误,硬说成"近刻"的讹误。这无疑是四库当局的主意,而戴震只有痛苦地被牵着鼻子走。为了伸冤,即对社会和历史有个交代,戴震节衣缩食,最后还是完成了自刻本的刊刻。自刻本与殿本相比有两个最大的区别:一是破卷立篇,充分遵循了实事求是的治学准则;二是通书白文,与殿本案校充斥形成了鲜明的对比,也是无声的抗议。自刻本积聚了戴震大半生的心血,是他独立研究《水经注》的终极成果。但是二百多年来,殿本被"举世奉为圭臬",而自刻本却鲜为人知。