根腐病是严重危害黄芪产业化生产的一类土传病害。该文以山西省黄芪根腐病的优势致病菌Fusarium solani和F. acuminatum为靶标，筛选具有良好抑菌防病效果的生防芽孢杆菌，并测定其对黄芪根围土壤细菌群落的影响，以期为生防制剂的后续开发提供物质基础和理论依据。试验采用平皿对峙拮抗、发酵液抑菌活性测定、菌丝生长抑制、以及离体防病效果测定的方法，对分离自黄芪根围土壤中的芽孢杆菌进行多重筛选，并对获得的目标拮抗芽孢杆菌SXKF16-1进行形态学、生理生化特性、16SrDNA序列鉴定，同时采用DGGE技术分析其对土壤细菌群落的影响。结果显示，菌株SXKF16-1抑菌效果显著，其无菌发酵滤液对F. solani，F. acuminatum的抑菌圈直径分别为（25.90±1.18） mm和（25.86±1.85）mm，且持效性良好；离体防病试验中，F. solani，F. acuminatum侵染后保护性处理和治疗性处理的病情指数分别是（37.50±8.58），（41.67±4.90）和（25.00±8.33），（38.89±9.62），与对照相比均差异显著（P＜0.05）。该菌株鉴定为萎缩芽孢杆菌Bacillus atrophaeus，其发酵液施入土壤后，明显提高了土壤中的细菌多样性。B. atrophaeus SXKF16-1能够有效拮抗根腐病病原菌，并且提高黄芪根围土壤的细菌多样性，具有开发为专用生防制剂的潜力。