“昔武帝不杀司马迁，使作谤书流于后世。”东汉王允口中的谤书指的就是《史记》。
　　王允之所以这么说，是因为太史公写《史记》投入了太多的个人感情。后人读起来固然会因为这些感情而痛快淋漓，但却不知不觉中受了太史公一面之辞的影响，让历史改了模样。所以有人会说，《史记》的文学性重于它的历史性。鲁迅称其为“史家之绝唱，无韵之《离骚》”
　　《史记》成书后，由于它“是非颇谬于圣人，论大道则先黄老而后六经”，被指责为对抗汉代正宗思想的异端代表。因此，在两汉时，《史记》一直被视为离经叛道的“谤书”。汉朝的统治者对它既爱又恨，所以多次下诏删削和注水。据说其中四分之一已非原貌。《今上本纪》就是一个典型的例子。汉武帝见《今上本纪》时，“怒而削之”，今天我们看到的《今上本纪》，而是后人抄录《封禅书》补缀而成。我们现在看到的《史记》已非太史公的原著。
　　
　　但后人还是能从散落在《史记》的许多角落中看到太史公心里的那个汉武帝的影子。《封禅书》讥讽汉武帝的痴妄迷信，劳民伤财。《平准书》评判了经济上的横征暴敛，指出汉武帝外伐四夷造成的国库空虚。《大宛列传》记载汉武帝为了获得大宛汗血马，不惜征发大批军队徒役，耗费大量资财。《匈奴列传》批评汉武帝征战匈奴使成千上万的百姓战死疆场。司马迁在《佞幸列传》《酷吏列传》等篇中揭露了黑暗残酷的官僚政治。
　　魏明帝因此把它看成是司马迁在泄私愤。《三国志·王肃传》：“（魏）明帝问王肃曰：‘司马迁以受刑之故，内怀隐切，著《史记》非贬孝武，令人切齿。’肃对曰：‘司马迁记事，不虚美，不隐恶。刘向、扬雄服其善叙事，有良史之才，谓之实录。汉武帝闻其述《史记》，取孝景及己本纪览之，于是大怒，削而投之。于今两纪有录无书。后遭李陵事，遂下迁蚕室（处宫刑的监狱）。以为隐切在孝武，而不在于史迁也。’”
　　虽以“实录”著称，但《史记》也未能做到不虚饰、不隐讳。单说他的笔下那些栩栩如生的故事，那些“天知、地知、你知、我知”的掉脑袋的谈话，就不可能完全是真实的。为了追求生动逼真的艺术效果，追求对于读者的感染力，他运用了很多传说性的材料，在很多细节方面进行了虚构。比如无中生有的《五帝本纪》。所谓的黄帝，炎帝，尧，舜，禹，这些都是春秋战国及秦汉时代根据神话传说虚构出来的人物，所以课本上称之为“传说中的黄帝时代”。
　　
　　司马迁深受“天命”、灾异和历史循环论等神秘思想的影响。在《六国年表序》论述秦并天下的原因时，指出这是“天所助”的结果。《高祖本纪》带有“三统循环论”的色彩，以为“三五之道若循环，终而复始”。在《天官书》中，记述各种特殊的自然天象时，常常与人事联系在一起，更多地表现了灾异的神秘思想。
　　《史记》中有关历代帝王出生时所谓的异象，什么红光满室、什么托梦之类的也十分荒诞。更离奇的是皇帝母亲们的受孕过程。比如高祖刘邦，“其先刘媪尝息大泽之陂，梦与神遇。是时雷电晦冥，太公往视，则见蛟龙于其上，已而有身，遂产高祖。”刘邦的父亲就这样无缘无故的让一条龙给戴上了绿帽子，进而证明了刘邦母亲怀的是“纯龙种”。这样的例子在《史记》中不胜玫举，所以有学者调侃说：太史公笔下的皇帝都是妖怪。